1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 7: Riadok 7:
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
* '''JP''': Jones and Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press 2004.
 
  
 
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
 
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
Riadok 20: Riadok 19:
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | {{pdf|p01}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | {{pdf|p01}} | }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci01}} | [[CI01|Poznámky]] }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci01}} | [[CI01|Poznámky]] }}
{{Lit | }}
+
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{Lit | 123}}
+
 
{{R | CB| Úvod do informatiky | {{pdf|cb01}} | }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky | {{pdf|cb01}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|29.9.-5.10|}}
 
{{T|29.9.-5.10|}}
 +
{{R | PR| Sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p02}} | }}
 +
{{Lit | BV kap. 1}}
 
|-
 
|-
 
{{T|6.-12.10.|}}
 
{{T|6.-12.10.|}}

Verzia zo dňa a času 10:11, 20. september 2014

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf Poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
6.-12.10.
13.-19.10.
20.-26.10.
27.10.-2.11.
3.-9.11.
10.-16.11.
17.-23.11.
24.-30.11.
1.-7.12.
8.-14.12.
15.-21.12.