Materials

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
  Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19

• playlist na youtube

Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students

21.-27.9.
L:	Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov	pdf, pdf
	BV kap. 1, video 1 video 2
TI:	Úvod do biológie	pdf	poznámky
	ZB kap. 1, video
TB:	Úvod do informatiky, UCSC genome browser	pdf	poznámky
28.9.-4.10.
L:	Zostavovanie genómov 2	pdf
	video
TI:	Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní		poznámky
TB:	Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti	pdf	poznámky
5.-11.10.
L:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
TI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika		poznámky
TB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty	pdf	poznámky
12.-18.10.
L:	Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
TI:	Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií		poznámky
TB:	Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy		poznámky
19.-25.10.
L:	Hľadanie génov, skryté Markovove modely	pdf
	BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
TI:	Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash		poznámky
TB:	Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií		poznámky
27.10.-1.11.
L:	Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)	pdf
	BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
TI:	Algoritmy pre HMM		poznámky
TB:	Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy	pdf	poznámky
2.-8.11.
L:	Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM	pdf
	BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
TI:	Substitučné modely		poznámky
TB:	E-hodnota, fylogenetické stromy	pdf	poznámky
9.-15.11.
L:	Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách	pdf
	DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI:	Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1		poznámky
TB:	Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction	pdf pdf	poznámky
16.-22.11.
L:	Štruktúra a funkcia proteínov	pdf
	DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
TI:	Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním		poznámky
TB:	Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot		poznámky
23.-29.11.
L:	RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín	pdf
	DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
TI:	Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík		poznámky
TB:	Nussinovovej algoritmus		poznámky
30.11.-6.12.
L:	Populačná genetika	pdf
	video
TI:	RNA štruktúra		poznámky
TB:	Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika		poznámky
7.-13.12.
L:	Prednáška nebude
TI:	Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania	pdf, pdf	poznámky
TB:	Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku	pdf, pdf	poznámky
14.-20.12.
L:	Nepovinné prezentácie