1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


23.-29.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
30.9.-6.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
7.-13.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
14.-20.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
21.-27.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti
CB: Skryté Markovove modely, E-value
28.10.-2.11. sviatky
3.-10.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM
CB: Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus
11.-17.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy ,
18.-24.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction
25.11.-1.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
2.-8.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
CB: Nussinovovej algoritmus
9.-15.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
16.-22.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku ,