1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19


Notes and presentations

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1, video 1 video 2
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1, video
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
video
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy pdf poznámky
2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
CI: Substitučné modely poznámky
CB: E-hodnota, fylogenetické stromy pdf poznámky
9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf pdf poznámky
16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika pdf
video
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
7.-13.12.
PR: Prednáška nebude
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf, pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky
14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie