1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19


Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students


23.9.
L: Introduction, course rules, sequencing and genome assembly
BV chapter 1, SK video 1 SK video 2
TI: Introduction to biology notes
ZB chapter 1, SK video
TB: Introduction to computer science, UCSC genome browser pdf notes
30.9
L: Zostavovanie genómov 2 pdf
SK video
TI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
TB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
7.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2, SK video
TI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
TB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
14.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5, SK video
TI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
TB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
21.10.
L: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7, video
TI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
TB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií
28.10.
L: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2, video
TI: Algoritmy pre HMM
TB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy
4.11.
L: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8, video
TI: Substitučné modely
TB: E-hodnota, fylogenetické stromy
11.11.
L: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
TB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf
18.11.
L: Štruktúra a funkcia proteínov {{{4}}}
TB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
25.11.
L: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9, video
TI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
TB: Nussinovovej algoritmus
2.12.
L: Populačná genetika pdf
video
TI: RNA štruktúra
TB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
9.12.
L: Prednáška nebude
TI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
TB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku
16.12.
L: Nepovinné prezentácie