1-BIN-301, 2-AIN-501 Metódy v bioinformatike, ZS 2019/20

Úvod · Pravidlá · Termíny a zadania · Prednášky a poznámky · Facebook (oznamy a diskusie) (návod a pravidlá)
Do utorka 22.10. 22:00 si vyberte článok na journal club


Prednášky a poznámky: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(30 intermediate revisions by the same user not shown)
Riadok 29: Riadok 29:
 
|-
 
|-
 
{{T|1.-7.10.|}}
 
{{T|1.-7.10.|}}
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
+
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|8.-14.10.|}}
 
{{T|8.-14.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}} --> | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
<!--
 
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
-->
 
 
|-
 
|-
 
{{T|15.-21.10.|}}
 
{{T|15.-21.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
<!--
 
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
-->
 
 
|-
 
|-
 
{{T|22.-28.10.|}}
 
{{T|22.-28.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}} --> | }}
+
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
<!--
+
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti |  | [[CI05|poznámky]]  }}
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti |  | [[CI05|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}}| [[CB05|poznámky]] }}
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
+
-->
+
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
Riadok 61: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
{{T|5.-11.11.|}}
 
{{T|5.-11.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}}--> | }}
+
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
<!--
 
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
-->
+
 
|-
 
|-
 
{{T|12.-18.11.|}}
 
{{T|12.-18.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
<!--
 
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
-->
+
 
|-
 
|-
 
{{T|19.-25.11.|}}
 
{{T|19.-25.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
<!--
 
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
-->
 
 
|-
 
|-
 
{{T|26.11.-2.12.|}}
 
{{T|26.11.-2.12.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
<!--
 
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
-->
+
 
|-
 
|-
 
{{T|3.-9.12.|}}
 
{{T|3.-9.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
<!--
 
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
-->
 
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.12.|}}
 
{{T|10.-16.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
<!--
+
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
+
-->
+
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.12.|}}
 
{{T|17.-23.12.|}}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | [[CI12|poznámky]] }}
 
<!--
 
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
-->
+
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 21:26, 19. december 2018

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 24.-30.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 1.-7.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
Týždeň 8.-14.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
Týždeň 15.-21.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 22.-28.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value pdf poznámky
Týždeň 29.10.-4.11. sviatky
Týždeň 5.-11.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus pdf poznámky
Týždeň 12.-18.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely pdf poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy pdf, pdf poznámky
Týždeň 19.-25.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf poznámky
Týždeň 26.11.-2.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 3.-9.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 10.-16.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 17.-23.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky