1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


Prvaci2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
 
Riadok 14: Riadok 14:
 
* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
 
* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
 
* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?
 
* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?
 +
 +
==Niečo o géne IGF1R==
 +
 +
* Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r
 +
* V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?
 +
** Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
 +
** Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.
 +
* Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?
 +
* V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?
 +
** Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.

Aktuálna revízia z 23:08, 11. september 2016

Základná orientácia v UCSC Genome Browseri

V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje množstvo zaujímavých informácií o (nielen) ľudskom genóme.

  • Choďte na stránku http://genome.ucsc.edu/
  • V menu zvoľte "Genomes / human hg38" (to je najnovšia verzia ľudského genómu)
  • Dajte si vyhľadať gén LCT
  • Koľko má tento gén exónov?
  • Kliknite na track, ktorý zobrazuje štruktúru génu. Zobrazí sa vám jeho popis. Dokážete z popisu usúdiť, na čo tento gén slúži?
  • Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?
  • V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.
  • Použite tlačítko "Base", ktoré vám zväčší priblíženie tak, že budete vidieť jednotlivé bázy DNA. Všimnite si track s názvom "Multiz Alignments of 100 Vertebrates", ktorý zobrazuje nielen príslušný kúsok génu v ľudskom genóme, ale aj v zodpovedajúcich častiach ďalších genómov.
  • Posuňte obrázok tak, aby ste videli rozhranie exónu a intrónu. Čo zaujímavého dokážete povedať o rozdieloch pri zarovnaniach exónov a intrónov?
  • Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
  • Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?

Niečo o géne IGF1R

  • Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r
  • V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?
    • Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
    • Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.
  • Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?
  • V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?
    • Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.