1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Prvaci2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
 
Riadok 14: Riadok 14:
 
* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
 
* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
 
* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?
 
* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?
 +
 +
==Niečo o géne IGF1R==
 +
 +
* Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r
 +
* V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?
 +
** Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
 +
** Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.
 +
* Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?
 +
* V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?
 +
** Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.

Aktuálna revízia z 22:08, 11. september 2016

Základná orientácia v UCSC Genome Browseri

V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje množstvo zaujímavých informácií o (nielen) ľudskom genóme.

  • Choďte na stránku http://genome.ucsc.edu/
  • V menu zvoľte "Genomes / human hg38" (to je najnovšia verzia ľudského genómu)
  • Dajte si vyhľadať gén LCT
  • Koľko má tento gén exónov?
  • Kliknite na track, ktorý zobrazuje štruktúru génu. Zobrazí sa vám jeho popis. Dokážete z popisu usúdiť, na čo tento gén slúži?
  • Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?
  • V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.
  • Použite tlačítko "Base", ktoré vám zväčší priblíženie tak, že budete vidieť jednotlivé bázy DNA. Všimnite si track s názvom "Multiz Alignments of 100 Vertebrates", ktorý zobrazuje nielen príslušný kúsok génu v ľudskom genóme, ale aj v zodpovedajúcich častiach ďalších genómov.
  • Posuňte obrázok tak, aby ste videli rozhranie exónu a intrónu. Čo zaujímavého dokážete povedať o rozdieloch pri zarovnaniach exónov a intrónov?
  • Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
  • Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?

Niečo o géne IGF1R

  • Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r
  • V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?
    • Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
    • Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.
  • Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?
  • V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?
    • Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.