http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Prvaci2016&feed=atom&action=historyPrvaci2016 - História úprav2024-03-29T02:07:20ZHistória úprav pre túto stránku na wikiMediaWiki 1.23.3http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Prvaci2016&diff=1487&oldid=prevTvinar na 21:08, 11. september 20162016-09-11T21:08:31Z<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">← Staršia verzia</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">Verzia zo dňa a času 21:08, 11. september 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Riadok 14:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Riadok 14:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">==Niečo o géne IGF1R==</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">* Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">* V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">** Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">** Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">* Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">* V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">** Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.</ins></div></td></tr>
</table>Tvinarhttp://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Prvaci2016&diff=1486&oldid=prevTvinar na 20:56, 11. september 20162016-09-11T20:56:46Z<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">← Staršia verzia</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">Verzia zo dňa a času 20:56, 11. september 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Riadok 10:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Riadok 10:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Použite</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* Použite <ins class="diffchange diffchange-inline">tlačítko "Base", ktoré vám zväčší priblíženie tak, že budete vidieť jednotlivé bázy DNA. Všimnite si track s názvom "Multiz Alignments of 100 Vertebrates", ktorý zobrazuje nielen príslušný kúsok génu v ľudskom genóme, ale aj v zodpovedajúcich častiach ďalších genómov.</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">* Posuňte obrázok tak, aby ste videli rozhranie exónu a intrónu. Čo zaujímavého dokážete povedať o rozdieloch pri zarovnaniach exónov a intrónov?</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">* Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">* Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?</ins></div></td></tr>
</table>Tvinarhttp://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Prvaci2016&diff=1485&oldid=prevTvinar: Vytvorená stránka „==Základná orientácia v UCSC Genome Browseri== V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje mno...“2016-09-11T20:48:12Z<p>Vytvorená stránka „==Základná orientácia v UCSC Genome Browseri== V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje mno...“</p>
<p><b>Nová stránka</b></p><div>==Základná orientácia v UCSC Genome Browseri==<br />
<br />
V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje množstvo zaujímavých informácií o (nielen) ľudskom genóme.<br />
<br />
* Choďte na stránku http://genome.ucsc.edu/<br />
* V menu zvoľte "Genomes / human hg38" (to je najnovšia verzia ľudského genómu)<br />
* Dajte si vyhľadať gén LCT<br />
* Koľko má tento gén exónov?<br />
* Kliknite na track, ktorý zobrazuje štruktúru génu. Zobrazí sa vám jeho popis. Dokážete z popisu usúdiť, na čo tento gén slúži?<br />
* Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?<br />
* V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.<br />
* Použite</div>Tvinar