1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Rules: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
d (Brona premiestnil stránku Pravidlá na Rules)
Riadok 1: Riadok 1:
 
__NOTOC__
 
__NOTOC__
==Hodnotenie==
+
==Grading==
  
* 3 domáce úlohy 30% (10% každá)
+
* 3 homework assignments 30% (10% each)
 
* Journal club 10%
 
* Journal club 10%
* Kvízy 10% (každý týždeň sa dá získať 1%)
+
* Quizzes 10% (each week 1%)
* Skúška 50%
+
* Final exam 50%
  
Na úspešné absolvovanie predmetu je potrebné splniť dve podmienky (v opačnom prípade známka Fx):
+
To pass the course, you need to satisfy both requirements below (otherwise Fx grade will be assigned):
* celkovo aspoň 50% bodov
+
* overall at least 50% of points
* aspoň polovicu bodov zo skúšky
+
* at least 50% of points from the final exam
  
Hodnotenie: A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+
+
Final grade: A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+
  
Domáce úlohy a skúška môžu obsahovať dve verzie niektorých otázok, jednu určenú pre biológov (resp. iných študentov prírodovedných odborov) a jednu pre študentov informatických odborov.
+
Homeworks and exams may contain separate versions of some questions, one for computer science students (namely, BIN, INF, mINF, mAIN students) and one for biologists (more precisely, students for Faculty of Natural Sciences and physics students).
  
 
==Journal club==
 
==Journal club==
  
Journal club sa robí v skupinách, pričom každá skupina má za úlohu naštudovať a spísať vlastnými slovami jeden článok z odbornej literatúry.
+
Journal club is a group activity, where each groups studies one scientific paper and rewrites it in their own words.
  
 
* Každý študent si z ponúknutého zoznamu vyberie tri články, ktoré ho najviac zaujali.
 
* Každý študent si z ponúknutého zoznamu vyberie tri články, ktoré ho najviac zaujali.

Verzia zo dňa a času 22:15, 22. september 2021

Grading

  • 3 homework assignments 30% (10% each)
  • Journal club 10%
  • Quizzes 10% (each week 1%)
  • Final exam 50%

To pass the course, you need to satisfy both requirements below (otherwise Fx grade will be assigned):

  • overall at least 50% of points
  • at least 50% of points from the final exam

Final grade: A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Homeworks and exams may contain separate versions of some questions, one for computer science students (namely, BIN, INF, mINF, mAIN students) and one for biologists (more precisely, students for Faculty of Natural Sciences and physics students).

Journal club

Journal club is a group activity, where each groups studies one scientific paper and rewrites it in their own words.

  • Každý študent si z ponúknutého zoznamu vyberie tri články, ktoré ho najviac zaujali.
  • Podľa týchto preferencií vyučujúci rozdelia študentov do skupín. Každá skupina bude čítať iný článok.
  • Každý študent si najskôr sám prečíta pridelený článok.
  • Potom sa stretne celá skupina, prediskutuje článok a pokúsi sa vysvetliť si navzájom nejasné časti, prípadne zohnať chýbajúce informácie v literatúre.
  • V prípade potreby sa skupina stretne aj viackrát, alebo ďalej komunikuje elektronicky. V prípade otázok k článku si môžete celá skupina alebo jej niektorí členovia dohodnúť aj konzultácie s vyučujúcimi.
  • Skupinka spíše správu, v ktorej vlastnými slovami vysvetlí hlavné metódy a výsledky článku a ďalšie potrebné pojmy tak, aby bol text zrozumiteľný pre študentov tohto predmetu (informatikov aj biológov).

Podrobnosti k stretnutiu skupiny pre journal club

  • Nezabudnite, že pred prvým stretnutím má mať každý už prečítaný článok
  • Prvé stretnutie by sa malo konať najneskôr 24.11. a miesto stretnutia by malo byť na FMFI prípadne na PriFUK. Pokúste sa vybrať čas vhodný pre všetkých členov skupiny, pričom na dohadovanie času odporúčame použiť napr. službu doodle.com alebo diskusiu na Facebookovej skupine predmetu.
  • Zvolený čas a miesto prvého stretnutia zverejnite na Facebookovej skupine predmetu najneskôr 2 dni pred stretnutím.
  • Po prvom stretnutí zástupca skupiny pošle krátku správu B.Brejovej, v ktorej uvedie, kto sa stretnutia zúčastnil, kto sa ospravedlnil a kto sa prípadne skupine neozval a aký bol záver stretnutia - či má skupina problémy s niektorými časťami článku, či sa plánuje stretnúť znovu, či potrebuje konzultáciu s vyučujúcimi a pod.
  • Ak sa stretnutie neuskutoční podľa týchto pravidiel, môže to ovplyvniť známku zo záverečnej správy.

Rady a pokyny k správe zo journal clubu

  • V správe vlastnými slovami opíšte hlavné metódy a výsledky článku
  • Správa by mala byť pochopiteľná pre študentov tohto predmetu (informatikov aj biológov), vysvetlite preto aj potrebné pojmy, ktoré v článku vysvetlené nie sú
  • V správe nemusíte pokryť celý obsah článku a naopak, môžete využiť aj iné zdroje
  • Skúste do textu vložiť vlastný pohľad na tému
  • Odporúčaný rozsah je cca 1-2 strany na osobu. Správa by však mala tvoriť jeden ucelený text, preto si dobre dohodnite, kto o čom a ako bude písať a nechajte si čas na úpravy celkového textu.
  • V správe je potrebné vymenovať členov skupiny, ktorí sa na jej práci reálne podieľali. Študenti, ktorí v tomto zozname nebudú uvedení, nezískajú za správu body.

Skúška

Skúška je písomná v trvaní 2-3 hodiny. Obsah upresníme neskôr. Na skúšku si môžete priniesť "ťahák" - 2 listy A4 popísaných čímkoľvek, čo uznáte za vhodné.

Odpisovanie

Odpisovanie domácich úloh a opisovanie na skúškach je vážnym porušením akademickej integrity.

Odpisovanie domácich úloh zahŕňa opísanie práce inej osoby (napr. od spolužiaka, z internetu, alebo z odbornej literatúry) a jej odovzdanie pod vlastným menom, umožnenie inej osobe opísať vlastné riešenia, ale aj spoluprácu pri riešení nad rámec povolený prednášajúcimi predmetu. Opisovanie na skúške zahŕňa použitie nepovolených pomôcok, ale aj nepovolenú komunikáciu s inými osobami počas skúšky.

V správe zo journal clubu musíte citovať všetku použitú literatúru. Zapíšte získané poznatky vlastnými slovami. Nekopírujte z literatúry a iných zdrojov celé vety (výnimkou môžu byť len krátke priame citáty s uvedením zdroja). Obrázky vytvorte vlastné alebo pri prevzatých obrázkoch uveďte zdroj, z ktorého pochádzajú.

Pri zistení odpisovania budeme štandardne prideľovať známku -100% za príslušnú časť práce, s minimálnym znížením výslednej známky o jeden stupeň; v prípade opisovania na skúške automatická strata termínu a zníženie výslednej známky o dva stupne. Obzvlášť hrubé porušenia akademickej integrity budú postúpené na riešenie dekanovi fakulty.

U domácich úloh povoľujeme a podporujeme diskusiu medzi študentami o jednotlivých príkladoch. Riešenia ktoré odovzdáte, však musia byť vašou vlastnou prácou napísanou vašimi vlastnými slovami. Aby ste sa vyhli zbytočným problémom, nerobte si pri skupinových diskusiách o domácich úlohách poznámky a so spisovaním materiálu určeného na odovzdanie počkajte aspoň tri hodiny po takejto diskusii.