1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Rules

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Hodnotenie

  • 3 domáce úlohy 30% (10% každá)
  • Journal club 10%
  • Skúška alebo projekt 60%

Hodnotenie: A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Domáce úlohy a skúška môžu obsahovať dve verzie niektorých otázok, jednu určenú pre biológov (resp. iných študentov prírodovedných odborov) a jednu pre študentov informatických odborov.

Namiesto skúšky môžete odovzdať projekt, ak ho máte vopred schválený od vyučujúcich. Doktorandi musia robiť projekt.

Journal club

Journal club sa robí v skupinách, pričom každá skupina má za úlohu naštudovať a spísať vlastnými slovami jeden článok z odbornej literatúry.

  • Každý študent si z ponúknutého zoznamu vyberie tri články, ktoré ho najviac zaujali.
  • Podľa týchto preferencií vyučujúci rozdelia študentov do skupín. Každá skupina bude čítať iný článok.
  • Každý študent si najskôr sám prečíta pridelený článok.
  • Potom sa stretne celá skupina, prediskutuje článok a pokúsi sa vysvetliť si navzájom nejasné časti, prípadne zohnať chýbajúce informácie v literatúre. V prípade záujmu sa na takomto stretnutí môžu zúčastniť vyučujúci a pomôcť zodpovedať prípadné otázky.
  • Skupinka spíše správu, v ktorej vlastnými slovami vysvetlí hlavné metódy a výsledky článku a ďalšie potrebné pojmy tak, aby správa bola pochopiteľná pre študentov biológie aj informatiky.
  • V správe je potrebné vymenovať členov skupiny, ktorí sa na jej práci reálne podieľali. Študenti, ktorí v tomto zozname nebudú uvedení, nezískajú za správu body.

Skúška

Skúška je písomná v trvaní 2-3 hodiny. Obsah upresníme neskôr. Na skúšku si môžete priniest "ťahák" - 2 listy A4 popísaných čímkoľvek, čo uznáte za vhodné.

Projekt

  • Projekt je pre magisterských a bakalárskych študentov nepovinný, pričom nahrádza skúšku. Doktorandskí študenti robia projekt povinne.
  • Môže sa týkať témy vašej bakalárskej/diplomovej/dizertačnej práce, malo by však ísť o ucelený celok, na ktorom ste ešte doteraz nepracovali.
  • Projekt je možné robiť aj v skupinách, avšak náročnosť a rozsah by mali stúpať s počtom členov skupiny.
  • Projekt môže obsahovať napríklad analýzu nových dát existujúcimi programami, experimentálne porovnanie viacerých programov na reálnych alebo simulovaných dátach, modifikácie v existujúcich programoch, teoretickú analýzu modelov alebo algoritmov, programovanie nových nástrojov, alebo prehľad niekoľkých súvisiacich článkov z odbornej literatúry.
  • Navrhovanú tému projektu je potrebné mať schválenú najneskôr do konca semestra od vyučujúcich, ale čím skôr tým lepšie pre vás. Pošlite stručný popis navrhovaného projektu e-mailom a dohodnite si aj osobné stretnutie.
  • Projekt treba odovzdať písomne a príslušné súbory (dáta, program a pod.) elektronicky. Najskôr týždeň po odovdzaní projektu sa koná ústna skúška, na ktorej sa diskutuje o detailoch projektu. Pri skupinových projektoch má každý člen skúšku osobitne.

Podrobnejšie pokyny k projektom nájdete na zvláštnej stránke.

Opisovanie

Opisovanie domácich úloh, projektov a opisovanie na skúškach je vážnym porušením akademickej integrity.

Opisovanie domácich úloh a projektov zahŕňa opísanie práce inej osoby (napr. od spolužiaka, z internetu, alebo z odbornej literatúry) a jej odovzdanie pod vlastným menom, umožnenie inej osobe opísať vlastné riešenia, ale aj spoluprácu pri riešení nad rámec povolený prednášajúcimi predmetu. Opisovanie na skúške zahŕňa použitie nepovolených pomôcok, ale aj nepovolenú komunikáciu s inými osobami počas skúšky.

V správe zo journal clubu a v projekte musíte citovať všetku použitú literatúru. Zapíšte získané poznatky vlastnými slovami. Nekopírujte z literatúry a iných zdrojov celé vety (výnimkou môžu byť len krátke priame citáty s uvedením zdroja). Obrázky pokiaľ možno vytvorte vlastné, alebo ak to nie je možné, uveďte pri prevzatých obrázkoch zdroj, z ktorého pochádzajú.

Pri zistení opisovania budeme štandardne prideľovať známku -100% za príslušnú časť práce, s minimálnym znížením výslednej známky o jeden stupeň; v prípade opisovania na skúške automatická strata termínu a zníženie výslednej známky o dva stupne. Obzvlášť hrubé porušenia akademickej integrity budú postúpené na riešenie dekanovi fakulty.

U domácich úloh povoľujeme a podporujeme diskusiu medzi študentami o jednotlivých príkladoch. Riešenia ktoré odovzdáte, však musia byť vašou vlastnou prácou napísanou vašimi vlastnými slovami. Aby ste sa vyhli zbytočným problémom, nerobte si pri skupinových diskusiách o domácich úlohách poznámky a so spisovaním materiálu určeného na odovzdanie počkajte aspoň tri hodiny po takejto diskusii.