Základy programovania pre biológov
2-AIN-502, ZS 2013/14

Tento predmet bol posledný krát vyučovaný v školskom roku 2013/14 a neplánujeme jeho výučbu v ďalších školských rokoch. Záujemcom odporúčame knihu UNIX and Perl to the Rescue!: A Field Guide for the Life Sciences (and Other Data-rich Pursuits) od autorov Bradman a Korf, prípadne materiály z tejto stránky. Môžete si tiež dohodnúť konzultáciu s B. Brejovou.


Prednášky

Z Ppbwiki
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Týždeň 23.-29.9.
Úvod, organizácia predmetu, čo je to linux, príkazový riadok
Prednáška 1 · Softvér na stiahnutie
Týždeň 30.9.-6.10.
Prihlásenie sa na server z Windows a Linuxu, práca na príkazovom riadku, pohyb v adresároch, UCSC genome browser (1)
Prednáška 2 · DÚ2 · Odovzdávanie DÚ2
Týždeň 7.-13.10.
Práca so súbormi v Linuxe, UCSC genome browser (2)
Prednáška 3 · DÚ3 · Odovzdávanie DÚ3
Týždeň 14.-20.10.
Programovanie v jazyku Perl: jednoduché spracovanie súboru
Prednáška 4 · DÚ4 · Odovzdávanie DÚ4
Týždeň 21.-27.10.
Programovanie v jazyku Perl: polia
Prednáška 5 · DÚ5 · Odovzdávanie DÚ5
Týždeň 28.10.-3.11.
Prednáška nebude
Týždeň 4.-10.11.
Programovanie v jazyku Perl: základné pojmy (premenná, cyklus, podmienka)
Prednáška 6 · DÚ6 · Odovzdávanie DÚ6
Týždeň 11.-17.11.
Príkazy na spracovanie textových súborov v Linuxe, spúšťanie bioinformatických programov
Prednáška 7 · DÚ7 · Odovzdávanie DÚ7
Týždeň 18.-24.11.
Spúšťanie bioinformatických programov
Prednáška 8 · DÚ8 · Odovzdávanie DÚ8
Týždeň 25.11.-1.12.
Programovanie v jazyku Perl: práca so súbormi, spúšťanie externých programov
Prednáška 9 · DÚ9 · Odovzdávanie DÚ9
Týždeň 2.-8.12.
Programovanie v jazyku Perl: asociatívne polia, súbory
Prednáška 10 · DÚ10 · Odovzdávanie DÚ10
Týždeň 9.-15.12.
Bioperl, práca na projekte
Prednáška 11
Týždeň 16.-22.12.
Regulárne výrazy, práca na projekte

Poďakovanie: Časť materiálov na týchto stránkach pomohli pripraviť Tomáš Vinař a Tina Višňovská.

Osobné nástroje
Menné priestory
Varianty
Operácie
Navigácia
Nástroje