Zobrazenie zdroja stránky MBI 2019/2020

'''Literatúra:'''

* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) 
** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta-2015-10-01}}
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

'''Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19'''
* [https://www.youtube.com/playlist?list=PLU2XVjShDFwVeTDmo9Uv2NHWz3ijUjy5p playlist na youtube]

'''Prezentácie'''
* [[Media:prednasky-2019.pdf|všetky prednášky v jednom pdf]] 
* [[Media:cb-2019.pdf|všetky cvičenia pre biológov v jednom pdf]] 
* [[Media:ci-2019.pdf|všetky cvičenia pre informatikov v jednom pdf]] 



'''Poznámky a prezentácie'''

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov 

{|
|-
{{T|23.-29.9.|}}
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
{{Lit | BV kap. 1}}
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
|-
{{T|30.9.-6.10.|}}
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}}|  [[CB02|poznámky]] }}
|-
{{T|7.-13.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
|-
{{T|14.-20.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}}| }}
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
|-
{{T|21.-27.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
{{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]]  }}
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-hodnota | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
|-
{{T|28.10.-2.11.|sviatky}}
|-
{{T|3.-10.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]   }}
|-
{{T|11.-17.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
|-
{{T|18.-24.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]] }}
|-
{{T|25.11.-1.12.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
|-
{{T|2.-8.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
|-
{{T|9.-15.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
{{Lit | }}
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
|-
{{T|16.-22.12.|}}
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
|-
|}