Prvaci2016: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(Vytvorená stránka „==Základná orientácia v UCSC Genome Browseri== V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje mno...“) |
|||
| (One intermediate revision by the same user not shown) | |||
| Riadok 10: | Riadok 10: | ||
* Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť? | * Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť? | ||
* V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia. | * V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia. | ||
| − | * Použite | + | * Použite tlačítko "Base", ktoré vám zväčší priblíženie tak, že budete vidieť jednotlivé bázy DNA. Všimnite si track s názvom "Multiz Alignments of 100 Vertebrates", ktorý zobrazuje nielen príslušný kúsok génu v ľudskom genóme, ale aj v zodpovedajúcich častiach ďalších genómov. |
| + | * Posuňte obrázok tak, aby ste videli rozhranie exónu a intrónu. Čo zaujímavého dokážete povedať o rozdieloch pri zarovnaniach exónov a intrónov? | ||
| + | * Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align" | ||
| + | * Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť? | ||
| + | |||
| + | ==Niečo o géne IGF1R== | ||
| + | |||
| + | * Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r | ||
| + | * V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné? | ||
| + | ** Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset | ||
| + | ** Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka. | ||
| + | * Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné? | ||
| + | * V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom? | ||
| + | ** Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu. | ||
Aktuálna revízia z 22:08, 11. september 2016
Základná orientácia v UCSC Genome Browseri
V tomto cvičení budeme používať on-line nástroj UCSC Genome Browser, ktorý v prehľadnej podobe prezentuje množstvo zaujímavých informácií o (nielen) ľudskom genóme.
- Choďte na stránku http://genome.ucsc.edu/
- V menu zvoľte "Genomes / human hg38" (to je najnovšia verzia ľudského genómu)
- Dajte si vyhľadať gén LCT
- Koľko má tento gén exónov?
- Kliknite na track, ktorý zobrazuje štruktúru génu. Zobrazí sa vám jeho popis. Dokážete z popisu usúdiť, na čo tento gén slúži?
- Track s názvom "Cons 100 Verts" zobrazuje, ako dobre sú jednotlivé pozície zachované v celogenómových zarovnania 100 stavovcov. Sú lepšie zachované exóny alebo intróny? Viete povedať, prečo by tomu tak malo byť?
- V hornej časti obrázku sú ovládacie prvky, ktoré vám umožňujú obrázok približovať alebo vzďaľovať. Takisto môžete obrázok posúvať jednoduchými pohybmi myši. Všimnite si, že zobrazovaná informácia v jednotlivých trackoch sa mení podľa polohy a podľa stupňa priblíženia.
- Použite tlačítko "Base", ktoré vám zväčší priblíženie tak, že budete vidieť jednotlivé bázy DNA. Všimnite si track s názvom "Multiz Alignments of 100 Vertebrates", ktorý zobrazuje nielen príslušný kúsok génu v ľudskom genóme, ale aj v zodpovedajúcich častiach ďalších genómov.
- Posuňte obrázok tak, aby ste videli rozhranie exónu a intrónu. Čo zaujímavého dokážete povedať o rozdieloch pri zarovnaniach exónov a intrónov?
- Kliknite pravým tlačítkom na názvy organizmov v zarovnaniach (v ľavej časti); objaví sa vám menu z ktorého zvolíte voľbu "Configure Multiz Align"
- Toto menu vám umožňuje konfigurovať, ktoré organizmy v zarovnaniach vidíte. Ktorého najvzdialenejšieho cicavca si môžete pozrieť?
Niečo o géne IGF1R
- Otvorte si nasledujúcu linku: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=tvinar&hgS_otherUserSessionName=hg38%2Digf1r
- V okne vidíte kúsok génu IGF1R v ľudskom genóme. Porovnajte tento kúsok v rôznych organizmoch, je tam niečo nápadné?
- Hint 1: Kosmáč bielofúzy je po anglicky Marmoset
- Hint 2: Jednotlivé organizmy sú v tracku so zarovnaniam zoradené podľa evolučnej vzdialenosti od človeka.
- Pozrite si zarovnanie v predchádzajúcom exóne toho istého génu. Vidíte také isté správanie sa mutácií alebo je odlišné?
- V prednáške sa hovorilo, že gén IGF1R môže byť jedným zo základných génov, ktorý je zodpovedný za to, že kosmáč je najmenším známym primátom. Vedeli by ste nájsť v popise génu niečo, čo by mohlo naznačiť, že tento gén súvisí so vzrastom?
- Hint 3: Známe mutácie v ľudskom genóme sú často zodpovedné za choroby, ktoré nám toho dokážu veľa povedať o funkcii génu.
