Materials: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
| Riadok 23: | Riadok 23: | ||
{{T|19.-25.9.|}} | {{T|19.-25.9.|}} | ||
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }} | {{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }} | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
{{Lit | BV kap. 1}} | {{Lit | BV kap. 1}} | ||
| − | {{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }} | + | {{R | CI| Úvod do biológie | <!-- {{pdf|ci-introbio}}--> | <!-- [[CI01|poznámky]] -->}} |
{{Lit | ZB kap. 1}} | {{Lit | ZB kap. 1}} | ||
| − | {{R | CB| Úvod do | + | {{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | <!--{{pdf|cb-introcs}}--> | <!-- [[CB01|poznámky]] --> }} |
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|26.9.-2.10|}} |
| + | {{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }} | ||
| + | {{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|ci-coverage}}--> | <!-- [[CI02|poznámky]] --> }} | ||
| + | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|poznámky]] --> }} | ||
| + | |- | ||
| + | <!-- | ||
| + | {{T|3.-9.10.|}} | ||
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }} | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} | ||
| Riadok 41: | Riadok 40: | ||
{{R | CB|nebude | | }} | {{R | CB|nebude | | }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|10.-16.10.|}} |
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }} | {{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }} | ||
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }} | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }} | ||
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }} | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|17.-23.10.|}} |
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }} | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} | ||
| Riadok 52: | Riadok 51: | ||
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }} | {{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|24.10.-30.10.|}} |
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }} | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} | {{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} | ||
Verzia zo dňa a času 15:52, 21. september 2016
Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
Literatúra:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
- Verzia z 1.10.2015: pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
- ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| 19.-25.9. | |||
| PR: | Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | ||
| BV kap. 1 | |||
| CI: | Úvod do biológie | ||
| ZB kap. 1 | |||
| CB: | Úvod do informatiky, UCSC genome browser | ||
| 26.9.-2.10 | |||
| PR: | nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 | ||
| CI: | Úvod do pravdepodobnosti | ||
| CB: | Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I | ||
