Materials: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
| Riadok 30: | Riadok 30: | ||
{{T|1.-7.10.|}} | {{T|1.-7.10.|}} | ||
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }} | {{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }} | ||
| − | {{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}} | + | {{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}} --> | <!-- [[CI02|poznámky]] --> }} |
| − | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} | + | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|poznámky]] --> }} |
|- | |- | ||
{{T|8.-14.10.|}} | {{T|8.-14.10.|}} | ||
Verzia zo dňa a času 19:43, 26. september 2018
Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
Literatúra:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
- Verzia z 1.10.2015: pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
- ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| 24.-30.9. | |||
| PR: | Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | pdf, pdf | |
| BV kap. 1 | |||
| CI: | Úvod do biológie | poznámky | |
| ZB kap. 1 | |||
| CB: | Úvod do informatiky, UCSC genome browser | poznámky | |
| 1.-7.10. | |||
| PR: | nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328 | ||
| CI: | Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | ||
| CB: | Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | ||
| 8.-14.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | ||
| BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2 | |||
| 15.-21.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | ||
| BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5 | |||
| 22.-28.10. | |||
| PR: | Hľadanie génov, skryté Markovove modely | ||
| BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7 | |||
| 29.10.-4.11. sviatky | |||
| 5.-11.11. | |||
| PR: | Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | ||
| BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2 | |||
| 12.-18.11. | |||
| PR: | Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | ||
| BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8 | |||
| 19.-25.11. | |||
| PR: | Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | ||
| DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1 | |||
| 26.11.-2.12. | |||
| PR: | Štruktúra a funkcia proteínov | ||
| DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2 | |||
| 3.-9.12. | |||
| PR: | RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | ||
| DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9 | |||
| 10.-16.12. | |||
| PR: | Populačná genetika | ||
| 17.-23.12. | |||
| CI: | Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | poznámky | |
