CB05: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
| Riadok 13: | Riadok 13: | ||
Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov. | Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov. | ||
| − | ==Príklady praktických programov== | + | ==Príklady praktických programov na zarovnávanie sekvencií== |
Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna [[CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov]] | Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna [[CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov]] | ||
Verzia zo dňa a času 12:01, 22. október 2020
Príklady stavových automatov pre HMM
Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju.
- Nakreslite HMM (stavovy diagram), ktory generuje sekvencie, ktore zacinaju niekolkymi cervenymi pismenami a potom obsahuju niekolko modrych
- Ako treba zmenit HMM, aby dovoloval ako "niekolko" aj nula?
- Ako treba zmenit HMM, aby pocet cervenych aj modrych bol vzdy parne cislo?
- Ako zmenit HMM, aby sa striedali cervene a modre kusy parnej dlzky?
V dalsich prikladoch uvazujeme aj to, ktore pismena su v ktorom stave povolene (pravdepodobnost emisie > 0) a ktore su zakazane
- cervena sekvencia dlzky dva, ktora zacina na A
- cervena sekvencia dlzky dva, ktora je hocico okrem AA
- toto sa da rozsirit na HMM, ktory reprezentuje ORF, teda nieco, co zacina start kodonom, potom niekolko beznych kodonov, ktore nie su stop kodonom a na koniec stop kodon
Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.
Príklady praktických programov na zarovnávanie sekvencií
Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov
