CB10: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(Vytvorená stránka „==Nussinovovej algoritmus== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho poč...“) |
|||
| Riadok 3: | Riadok 3: | ||
Z cvičných príkladov na skúšku | Z cvičných príkladov na skúšku | ||
* Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho počtu dobre uzátvorkovaných spárovaných báz v RNA sekvencii GAACUUCACUGA (dovoľujeme len komplementárne páry A-U, C-G) a nakreslite sekundárnu štruktúru, ktorú algoritmus našiel. | * Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho počtu dobre uzátvorkovaných spárovaných báz v RNA sekvencii GAACUUCACUGA (dovoľujeme len komplementárne páry A-U, C-G) a nakreslite sekundárnu štruktúru, ktorú algoritmus našiel. | ||
| + | <!-- | ||
<pre> | <pre> | ||
G A A C U U C A C U G A | G A A C U U C A C U G A | ||
| Riadok 18: | Riadok 19: | ||
0 A | 0 A | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | --> | ||
* Ako by sme algoritmus upravili, aby dlzka slucky na konci helixu bola vzdy aspon 3? | * Ako by sme algoritmus upravili, aby dlzka slucky na konci helixu bola vzdy aspon 3? | ||
Verzia zo dňa a času 16:49, 26. november 2020
Nussinovovej algoritmus
Z cvičných príkladov na skúšku
- Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho počtu dobre uzátvorkovaných spárovaných báz v RNA sekvencii GAACUUCACUGA (dovoľujeme len komplementárne páry A-U, C-G) a nakreslite sekundárnu štruktúru, ktorú algoritmus našiel.
- Ako by sme algoritmus upravili, aby dlzka slucky na konci helixu bola vzdy aspon 3?
RNA štruktúra
- Znama databaza rodin RNA genov je Rfam: http://rfam.xfam.org/
- Najdite si v nej rodinu RF00015 (U4 spliceosomal RNA)
- V casti Secondary structure si mozete pozriet obrazky farebne kodovane podla roznych kriterii
- Skuste pochopit, co jednotlive obrazky a ich farby znamenaju
- Jedna z mnohych ludskych kopii je tato:
AGCTTTGCGCAGTGGCAGTATCGTAGCCAATGAGGTTTATCCGAGGCGCG ATTATTGCTAATTGAAAACTTTTCCCAATACCCCGCCATGACGACTTGAA ATATAGTCGGCATTGGCAATTTTTGACAGTCTCTACGGAGA
- Skuste ju najst v ludskom genome nastrojom BLAT v UCSC genome browseri
- Pozrite si tracky GENCODE genes, conservation, RepeatMasker v jej okoli
- Vo verzii hg19 (kam sa viete z inej verzii dostat cez horne menu View->In Other Genomes) je track "CSHL Sm RNA-seq" ktory obsahuje RNASeq kratkych RNA z roznych casti buniek, zapnite si v jeho nastaveniach aj zobrazenie RNA z jadra (nucleus)
- Zadajte sekvenciu na RNAfold serveri [1]
- Ak vypocet dlho trva, pozrite si vysledok tu
- Podoba sa na strukturu zobrazenu v Rfame? v com sa lisi?
- RNA dizajn: mozete sa skusit zahrat na stranke http://www.eternagame.org/web/
