1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB-aln-dp: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „===Proteínové sekvencie a zarovnania=== <pre> >sp|P50520|VPS34_SCHPO Phosphatidylinositol 3-kinase vps34 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=vps3...“)
 
 
(2 intermediate revisions by the same user not shown)
Riadok 1: Riadok 1:
−
===Proteínové sekvencie a zarovnania===
+
Sekvencie a zarovnania k cvičeniu pre biológov: programy water a needle
 +
 
 +
==Proteínové sekvencie==
 +
* http://genome.compbio.fmph.uniba.sk/data/magCapA5/proteins/MCA_00027_1.html
 +
* https://www.uniprot.org/uniprot/P38222#sequences
 
<pre>
 
<pre>
 
>sp|P50520|VPS34_SCHPO Phosphatidylinositol 3-kinase vps34 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=vps34 PE=2 SV=2
 
>sp|P50520|VPS34_SCHPO Phosphatidylinositol 3-kinase vps34 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=vps34 PE=2 SV=2
Riadok 19: Riadok 23:
  
 
<pre>
 
<pre>
−
>tr|B1AKP8|B1AKP8_HUMAN FK506 binding protein 12-rapamycin associated protein 1 OS=Homo sapiens GN=FRAP1 PE=4 SV=1
+
>RKM3_YEAST
−
MNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHASGANITNATTAATTAATATTTASTEGSNSESEAES
+
MSVTFKDDVHRILKFVANCNGRFEDSKCDIRESPLGGLGVFAKTDIAEGESILTLNKSSI
−
TENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGH
+
FSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTVFRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPP
−
WPDVNEALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYP
+
SFWHADAKRLLKGTSFDTLFDSLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSE
−
LTVASKSTTTARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEAS
+
ENHEEDYNLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSLYDV
−
RLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVK
+
CDKCGEPDMCKHLIAEEYLEAENLDKNMPKVASMETRVIDEDLIKSLENDLEKEYSNVTA
−
DLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAVPGTYDPNQPIIRIQS
+
NIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLARYGFTVPENQYDIVHL
−
IAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTS
+
GPDFMKILKKEEKYQEKVKWWSQVGHGLFSAWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESE
−
LRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDY
+
EEEEEEEGDDSLESWLSQLYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESLFSKKATPHISDS
−
DHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMSMVGYILG
+
IVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSMLQNARTLVQSE
−
LGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAMEVTGLDGN
+
HNILDRCLKRLS
−
YRITCHTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSV
+
−
EILDGVELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSH
+
−
DDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQCYIGWCPFW
+
 
</pre>
 
</pre>
  
 +
==Lokálne zarovnanie==
 
<pre>
 
<pre>
 
########################################
 
########################################
 
# Program: water
 
# Program: water
−
# Rundate: Thu 11 Oct 2012 09:37:58
+
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:08:56
 
# Commandline: water
 
# Commandline: water
−
#    -asequence ggg1
+
#    -auto
−
#    -bsequence ggg2
+
#    -stdout
−
#    -outfile ggg12.w
+
#    -asequence emboss_water-I20211014-150851-0938-20653107-p2m.asequence
−
# Align_format: srspair
+
#    -bsequence emboss_water-I20211014-150851-0938-20653107-p2m.bsequence
−
# Report_file: ggg12.w
+
#    -datafile EBLOSUM62
 +
#    -gapopen 10.0
 +
#    -gapextend 0.5
 +
#    -aformat3 pair
 +
#    -sprotein1
 +
#    -sprotein2
 +
# Align_format: pair
 +
# Report_file: stdout
 
########################################
 
########################################
  
Riadok 50: Riadok 59:
 
#
 
#
 
# Aligned_sequences: 2
 
# Aligned_sequences: 2
−
# 1: VPS34_SCHPO
+
# 1: MCA_00027_1
−
# 2: B1AKP8_HUMAN
+
# 2: RKM3_YEAST
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Extend_penalty: 0.5
 
# Extend_penalty: 0.5
 
#
 
#
−
# Length: 645
+
# Length: 588
−
# Identity:    124/645 (19.2%)
+
# Identity:    170/588 (28.9%)
−
# Similarity:  221/645 (34.3%)
+
# Similarity:  270/588 (45.9%)
−
# Gaps:        211/645 (32.7%)
+
# Gaps:        116/588 (19.7%)
−
# Score: 226.0
+
# Score: 611.0
 
#  
 
#  
 
#
 
#
 
#=======================================
 
#=======================================
  
−
VPS34_SCHPO      235 NLDSPAELKHRRLVRSQRNGPLDKDLKPNSKIRKELESILSYPPSEELSL    284
+
MCA_00027_1      29 IRESPLGGIGVFARKKIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDG    78
−
                     |.:|.||       |..|.|....|: .|:.::|...|        
+
                     ||||||||:||||:..|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||
−
B1AKP8_HUMAN      53 NSESEAE--------STENSPTPSPLQ--KKVTEDLSKTL----------     82
+
RKM3_YEAST        30 IRESPLGGLGVFAKTDIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDG     79
  
−
VPS34_SCHPO      285 EEKDLIWKFRFYLTRNKKAMTKFLKSVVWTDSSEVNQALSLLDSWTEI--    332
+
MCA_00027_1      79 MLGLALAYMYERSLGPDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEE   124
−
                                |.....|:..|.:|:..:..:.:...|.:|..|.:.
+
                    ||.|.:|::||.::..:|. ||.|::||  |.:..::..|.||..:.:.
−
B1AKP8_HUMAN      83 ------------LMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGH   120
+
RKM3_YEAST        80 MLALNIAFIYETTVFRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKR   129
  
−
VPS34_SCHPO     333 --DIDDALELLSPSFVHPKVRAYAVSRLETASNEELLLYLLQLVQAL--R   378
+
MCA_00027_1     125 LLVGTELYYHTL---KVEDDDIAEVFKFDV------------------LP   153
−
                      |:::||           |......:::|         .||::..| |
+
                    ||.||. :.||  ...:::|.|.|:..|                 |.
−
B1AKP8_HUMAN    121 WPDVNEAL-----------VEGVKAIQIDT---------WLQVIPQLIAR   150
+
RKM3_YEAST      130 LLKGTS--FDTLFDSLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLD   177
  
−
VPS34_SCHPO     379 YDNP-----------ISSDERFQPS----PLAL-----------------    396
+
MCA_00027_1     154 FLERNHLFEGQPQYR-TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLF   202
−
                     .|.|           ::...|:.|.   ||.:               
+
                     ..|.||    :..|. .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||
−
B1AKP8_HUMAN    151 IDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTTTARHNAANKIL   200
+
RKM3_YEAST      178 VSEENH----EEDYNLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLF   223
  
−
VPS34_SCHPO     397 --------FLVNRA--ISSPSIGNDLYWYLVVEIEDEPVSKLF---SSVM   433
+
MCA_00027_1     203 NHSI-DESVHFEVVSQVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVD   251
−
                            .||.:|  :|...|...:.|:.:.....|..|:|:  .:|.
+
                    ||.: |..:.|..:..||..||.||.|.||.       ::|..|.|.:|
−
B1AKP8_HUMAN    201 KNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVK   250
+
RKM3_YEAST      224 NHHVSDPDLKFVSLYDVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLD   265
  
−
VPS34_SCHPO     434 FLFQ----------------KELS-----------------KSVEGRLIR    450
+
MCA_00027_1     252 ELNEDGFSSGFDYSDSESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSD    301
−
                    .:|:                ||.|                |.::...::
+
                    :....                              :.|.||.: |.||..
−
B1AKP8_HUMAN    251 GMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVK   300
+
RKM3_YEAST      266 KNMPK------------------------------VASMETRV-IDEDLI   284
  
−
VPS34_SCHPO     451 ETLSAQAKFVEKLLRISKSVQSFRGTRLKKIEYLKVLLEDHKYHLLDFHA   500
+
MCA_00027_1     302 KKTSNEQKSEEQEAEKYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEV   351
−
                     :...|...:.....||||.:.......|:.:....::..|.:.     |
+
                     |...|:.:.|.....   ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:
−
B1AKP8_HUMAN    301 DLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLEL------A   344
+
RKM3_YEAST      285 KSLENDLEKEYSNVT----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEI   330
  
−
VPS34_SCHPO     501 LPLPLDPSVNIVGI--IPDACTVFKSTMQPLRLLFKCQDGSKYPIIFKNG   548
+
MCA_00027_1     352 FNTYGELSNHHLASRYGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEW   400
−
                     :|...||:..|:.| |..:..|..|..:|.:|.....:|.::..:.|..
+
                     ||:||||||..|.:||||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|
−
B1AKP8_HUMAN    345 VPGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGH   394
+
RKM3_YEAST      331 FNSYGELSNVFLLARYGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKW   380
  
−
VPS34_SCHPO     549 DDLRQDQLVIQILTLMDKLLKKE----KLDLHLKPYRILATGPTHGAVQF   594
+
MCA_00027_1     401 WSIYFYEALFGIRKDEWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEEN   438
−
                     :|||||:.|:|:..|::.||..:   :.:|.::.|.::......|.:.:
+
                     ||   :...|:....:|::.:.::||::|           ||:.|||.
−
B1AKP8_HUMAN    395 EDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGW   444
+
RKM3_YEAST      381 WS----QVGHGLFSAWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEE   426
  
−
VPS34_SCHPO     595 VP-SKTLATILAEYHG-----------------------------SVLAY   614
+
MCA_00027_1     439 SIPPSPESISWEDEAYLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFER   488
−
                     || ..||..::.:|..                             .|..:
+
                     ....|.|  ||..:.|:.:||.||.....|..:|:::...:|:|     
−
B1AKP8_HUMAN    445 VPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEH   494
+
RKM3_YEAST      427 EGDDSLE--SWLSQLYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL------   468
  
−
VPS34_SCHPO     615 LRENNPDDGLNSANYGIDP---VAMD---NYVRSCAGYCVITYLLGVGDR   658
+
MCA_00027_1     489 DVFTSKLLPS-STLVFNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-----    532
−
                    ...|...|.|....:...|  |..|  ||.||.|...::.|:||:|||
+
                      |:.|..|. |..:.||:.|..|....|...::....:|...|:    
−
B1AKP8_HUMAN    495 AVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMSMVGYILGLGDR   544
+
RKM3_YEAST      469 --FSKKATPHISDSIVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKG   516
  
−
VPS34_SCHPO     659 HLDNLLITK-DGHFFHADFG--------------YILGRDPKLFSPAMKL   693
+
MCA_00027_1     533 --KDLITKLSDNQKKNSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQ   568
−
                    |..||::.: .|...|.|||              .|..|..::.:.||:
+
                      ...||..:.:..:|:|    |:..:|..:|::.::
−
B1AKP8_HUMAN     545 HPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAME-    593
+
RKM3_YEAST      517 DNSSKITSATKSMLQNAR-----TLVQSEHNILDRCLK   549
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      694 SKEMVEGMGGYNSPFYQQFKSYCYTTFTALRKSSNLILNLFSLMV    738
+
−
                        |.|:.|      .::..|:|....||:..:.::.:....|
+
−
B1AKP8_HUMAN    594 ----VTGLDG-------NYRITCHTVMEVLREHKDSVMAVLEAFV   627
+
 
</pre>
 
</pre>
  
 +
==Globálne zarovnanie==
 
<pre>
 
<pre>
 
########################################
 
########################################
 
# Program: needle
 
# Program: needle
−
# Rundate: Thu 11 Oct 2012 09:40:40
+
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:13:34
 
# Commandline: needle
 
# Commandline: needle
−
#    -asequence ggg1
+
#    -auto
−
#    -bsequence ggg2
+
#    -stdout
 +
#    -asequence emboss_needle-I20211014-151332-0965-44565643-p2m.asequence
 +
#    -bsequence emboss_needle-I20211014-151332-0965-44565643-p2m.bsequence
 +
#    -datafile EBLOSUM62
 +
#    -gapopen 10.0
 +
#    -gapextend 0.5
 
#    -endweight
 
#    -endweight
−
#    -outfile ggg12.n2
+
#    -endopen 10.0
−
# Align_format: srspair
+
#    -endextend 0.5
−
# Report_file: ggg12.n2
+
#    -aformat3 pair
 +
#    -sprotein1
 +
#    -sprotein2
 +
# Align_format: pair
 +
# Report_file: stdout
 
########################################
 
########################################
  
Riadok 134: Riadok 149:
 
#
 
#
 
# Aligned_sequences: 2
 
# Aligned_sequences: 2
−
# 1: VPS34_SCHPO
+
# 1: MCA_00027_1
−
# 2: B1AKP8_HUMAN
+
# 2: RKM3_YEAST
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Extend_penalty: 0.5
 
# Extend_penalty: 0.5
 
#
 
#
−
# Length: 948
+
# Length: 650
−
# Identity:    167/948 (17.6%)
+
# Identity:    178/650 (27.4%)
−
# Similarity:  292/948 (30.8%)
+
# Similarity:  282/650 (43.4%)
−
# Gaps:        341/948 (36.0%)
+
# Gaps:        153/650 (23.5%)
−
# Score: 130.5
+
# Score: 588.5
 
#  
 
#  
 
#
 
#
 
#=======================================
 
#=======================================
  
−
VPS34_SCHPO       1 MD-RLVFSYCPSSKVTARFLVKFCFIEYQDSQEPCICTIQLFSGNESGSL     49
+
MCA_00027_1       1 MEDSL---MERYQSFV----GWMLDNKIQFSSLLTIRESPLGGIGVFARK     43
−
                     |: ..|..|                 ::|:            ...:....
+
                     |..:.   :.|...||   |...|:|..     ||||||||:||||:.
−
B1AKP8_HUMAN      1 MNFEAVLHY-----------------KHQN------------QARDEKKK     21
+
RKM3_YEAST        1 MSVTFKDDVHRILKFVANCNGRFEDSKCD------IRESPLGGLGVFAKT     44
  
−
VPS34_SCHPO       50 MQKCFVSKIPNKSLLPTELSKISTHEWLDFGVTVSELSLNAKFVVSAWKP     99
+
MCA_00027_1       44 KIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDGMLGLALAYMYERSLG     93
−
                     ::....:.|.|.:...|..:..:|                     :|...
+
                     .|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||||.|.:|::||.::.
−
B1AKP8_HUMAN      22 LRHASGANITNATTAATTAATATT---------------------TASTE     50
+
RKM3_YEAST        45 DIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTVF     94
  
−
VPS34_SCHPO      100 SFNDEEVYEFVGCTTYRLFDENNLLRQGLQ-KIPLQTSKEIKKYSPTSLE   148
+
MCA_00027_1      94 PDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEELLVGTELYYHTL---    136
−
                     ..|.|...|..        ||:.....|| |:....||.:..|:..:::
+
                     .:|. ||.|::||  |.:..::..|.||..:.:.||.||. :.|| 
−
B1AKP8_HUMAN      51 GSNSESEAEST---------ENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQ    91
+
RKM3_YEAST        95 RNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKRLLKGTS--FDTLFDS    142
  
−
VPS34_SCHPO     149 ----LEQVKEINRLDGLLLKLQLGDVPSVNWLDDISFGKIKDFRSKHMSL   194
+
MCA_00027_1     137 KVEDDDIAEVFKFDV------------------LPFLERNHLFEGQPQYR   168
−
                        ...:...|.|...|..|.|      |.|   :|...|...  :|
+
                    ...:::|.|.|:..|                  |...|.||   :..|.
−
B1AKP8_HUMAN      92 GFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTL-------WFD---YGHWPDVNE---AL   128
+
RKM3_YEAST      143 LAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSEENH----EEDYN   188
  
−
VPS34_SCHPO     195 VT-IPILYLDFLQFSFPVVFQRSYYPKSENRVYYSSFDLELNLDSP----    239
+
MCA_00027_1     169 -TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLFNHSI-DESVHFEVVS   216
−
                    |. :..:.:|......|.:..|                    :|:|   
+
                      .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||||.: |..:.|..:.
−
B1AKP8_HUMAN    129 VEGVKAIQIDTWLQVIPQLIAR--------------------IDTPRPLV   158
+
RKM3_YEAST      189 LKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSLY   238
  
−
VPS34_SCHPO     240 AELKHRRLVRSQRNGPLDKDLKPNSKIRKELESILSYPPSEELSLEEKDL   289
+
MCA_00027_1     217 QVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVDELNEDGFSSGFDYSD   266
−
                     ..|.|:.|....|..|               ..|.||    |::..|..
+
                     .||..||.||.|.||.       ::|..|.|.:|:....        
−
B1AKP8_HUMAN    159 GRLIHQLLTDIGRYHP----------------QALIYP----LTVASKST   188
+
RKM3_YEAST      239 DVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLDKNMPK----------    270
  
−
VPS34_SCHPO     290 IWKFRFYLTRNKKAMTKFLKSVVWTDSSEVNQALSLLDSWTEIDI-----   334
+
MCA_00027_1     267 SESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSDKKTSNEQKSEEQEAE   316
−
                            .|....|..|.||::....::.|.||:.:.:....:.|   
+
                                        :.|.||.: |.||..|...|:.:.|.....
−
B1AKP8_HUMAN    189 -------TTARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEM   231
+
RKM3_YEAST      271 --------------------VASMETRV-IDEDLIKSLENDLEKEYSNVT   299
  
−
VPS34_SCHPO     335 -DDALELLSPSFVHPKVRAYAVSRLETASNEELLLYLLQLVQALRYDNPI   383
+
MCA_00027_1     317 KYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEVFNTYGELSNHHLASR   366
−
                      .:.||..|        |.|...|     |.:.:..:|:.:.|:.    
+
                        ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:||:||||||..|.:|
−
B1AKP8_HUMAN    232 WHEGLEEAS--------RLYFGER-----NVKGMFEVLEPLHAMM-----    263
+
RKM3_YEAST      300 ----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLAR   345
  
−
VPS34_SCHPO     384 SSDERFQPSPLALFLVNRAISSPSIGNDLYWYLVVEIEDEPVSKLFSSVM   433
+
MCA_00027_1     367 YGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEWWSIYFYEALFGIRKD   415
−
                        || .|..|.....|:|    .|.||     :|.            
+
                    |||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|||    :...|:...
−
B1AKP8_HUMAN    264 ---ER-GPQTLKETSFNQA-----YGRDL-----MEA-------------    286
+
RKM3_YEAST      346 YGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKWWS----QVGHGLFSA   391
  
−
VPS34_SCHPO     434 FLFQKELSKSVEGRLIRETLSAQAKFVEKLLRISKSVQSFRGTRLKKIEY   483
+
MCA_00027_1     416 EWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEENSIPPSPESISWEDEA   453
−
                        |:...|.::...:::...|...:.....||||.:.......|:.:..
+
                    .:|::.:.::||::|           ||:.|||.....|.|  ||..:.
−
B1AKP8_HUMAN    287 ---QEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSP   333
+
RKM3_YEAST      392 WYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEEEGDDSLE--SWLSQL   439
  
−
VPS34_SCHPO     484 LKVLLEDHKYHLLDFHALPLPLDPSVNIVGI--IPDACTVFKSTMQPLRL   531
+
MCA_00027_1     454 YLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFERDVFTSKLLPS-STLV   502
−
                     ..::..|.:.      |:|...||:..|:.| |..:..|..|..:|.:|
+
                     |:.:||.||.....|..:|:::...:|:|       |:.|..|. |..:
−
B1AKP8_HUMAN    334 KLLMCRDLEL------AVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKL   377
+
RKM3_YEAST      440 YIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL--------FSKKATPHISDSI   481
  
−
VPS34_SCHPO     532 LFKCQDGSKYPIIFKNGDDLRQDQLVIQILTLMDKLLKKE----KLDLHL   577
+
MCA_00027_1     503 FNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-------KDLITKLSDNQKK   545
−
                     .....:|.::..:.|..:|||||:.|:|:..|::.||..:   :.:|.:
+
                     .||:.|..|....|...::....:|...|:       ...||..:.:..:
−
B1AKP8_HUMAN    378 TLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSI   427
+
RKM3_YEAST      482 VNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSMLQ   531
  
−
VPS34_SCHPO     578 KPYRILATGPTHGAVQFVP-SKTLATILAEYHG-----------------   609
+
MCA_00027_1     546 NSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQWIAQLEKKKKRKPSNSNHKKPNSRKLK   595
−
                     :.|.::......|.:.:|| ..||..::.:|..               
+
                     |:|    |:..:|..:|::.:                       ::|.
−
B1AKP8_HUMAN     428 QRYAVIPLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMA    477
+
RKM3_YEAST       532 NAR-----TLVQSEHNILDRCL------------------------KRLS   552
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      610 ------------SVLAYLRENNPDDGLNSANYGIDP---VAMD---NYVR    641
+
−
                                .|..:...|...|.|....:...|  |..|  ||.|
+
−
B1AKP8_HUMAN    478 PDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTR    527
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      642 SCAGYCVITYLLGVGDRHLDNLLITK-DGHFFHADFG-------------    677
+
−
                    |.|...::.|:||:||||..||::.: .|...|.|||           
+
−
B1AKP8_HUMAN    528 SLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFP    577
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      678 -YILGRDPKLFSPAMKLSKEMVEGMGGYNSPFYQQFKSYCYTTFTALRKS    726
+
−
                      .|..|..::.:.||:    |.|:.|       .::..|:|....||:.
+
−
B1AKP8_HUMAN    578 EKIPFRLTRMLTNAME-----VTGLDG-------NYRITCHTVMEVLREH    615
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      727 SNLILNLFSLMV----------DAN-------------------------    741
+
−
                    .:.::.:....|          |.|                       
+
−
B1AKP8_HUMAN    616 KDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDG    665
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      742 --------------IPD----------IK---FDKE--KVVYKVKERFC-    761
+
−
                                  :|:          :|  .:|:  :::.:|:::..
+
−
B1AKP8_HUMAN    666 VELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTG    715
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      762 LQMSESDAI---KYFEQLINDSVSALFPQIIDRMHNLAQYMRS-----    801
+
−
                    ...|..|.:  ...|.||..:.|        ..||.|....   
+
−
B1AKP8_HUMAN    716 RDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATS---------HENLCQCYIGWCPFW   754
+
 
</pre>
 
</pre>
  
 +
==Globálne zarovnanie s nulovou penaltou medzier na koncoch sekvencie==
 
<pre>
 
<pre>
 
########################################
 
########################################
 
# Program: needle
 
# Program: needle
−
# Rundate: Thu 11 Oct 2012 09:37:33
+
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:05:37
 
# Commandline: needle
 
# Commandline: needle
−
#    -asequence ggg1
+
#    -auto
−
#    -bsequence ggg2
+
#    -stdout
−
#    -outfile ggg12.n
+
#    -asequence emboss_needle-I20211014-151156-0154-17922699-p1m.asequence
−
# Align_format: srspair
+
#    -bsequence emboss_needle-I20211014-151156-0154-17922699-p1m.bsequence
−
# Report_file: ggg12.n
+
#    -datafile EBLOSUM62
 +
#    -gapopen 10.0
 +
#    -gapextend 0.5
 +
#    -endopen 10.0
 +
#    -endextend 0.5
 +
#    -aformat3 pair
 +
#    -sprotein1
 +
#    -sprotein2
 +
# Align_format: pair
 +
# Report_file: stdout
 
########################################
 
########################################
  
Riadok 241: Riadok 242:
 
#
 
#
 
# Aligned_sequences: 2
 
# Aligned_sequences: 2
−
# 1: VPS34_SCHPO
+
# 1: MCA_00027_1
−
# 2: B1AKP8_HUMAN
+
# 2: RKM3_YEAST
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Matrix: EBLOSUM62
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Gap_penalty: 10.0
 
# Extend_penalty: 0.5
 
# Extend_penalty: 0.5
 
#
 
#
−
# Length: 1060
+
# Length: 651
−
# Identity:    138/1060 (13.0%)
+
# Identity:    177/651 (27.2%)
−
# Similarity:  245/1060 (23.1%)
+
# Similarity:  282/651 (43.3%)
−
# Gaps:        565/1060 (53.3%)
+
# Gaps:        155/651 (23.8%)
−
# Score: 206.0
+
# Score: 608.0
 
#  
 
#  
 
#
 
#
 
#=======================================
 
#=======================================
  
−
VPS34_SCHPO       1 MDRLVFSYCPSSKVTARFLVKFCFIEYQDSQEPCICTIQLFSGNESGSLM    50
+
MCA_00027_1       1 ----MEDSLMERYQSFV----GWMLDNKIQFSSLLTIRESPLGGIGVFAR    42
−
                                                                     
+
                        .:|. :.|...||    |...|:|..      ||||||||:||||:
−
B1AKP8_HUMAN      0 --------------------------------------------------      0
+
RKM3_YEAST         1 MSVTFKDD-VHRILKFVANCNGRFEDSKCD------IRESPLGGLGVFAK     43
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      51 QKCFVSKIPNKSLLPTELSKISTHEWLDFGVTVSELSLNAKFVVSAWKPS    100
+
−
                                                                     
+
−
B1AKP8_HUMAN      0 --------------------------------------------------      0
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      101 FNDEEVYEFVGCTTYRLFDENNLLRQGLQKIPLQTSKEIKKYSPTSLELE    150
+
−
                                                                     
+
−
B1AKP8_HUMAN      0 --------------------------------------------------      0
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      151 QVKEINRLDGLLLKLQLGDVPSVNWLDDISFGKIKDFRSKHMSLVTIPIL    200
+
−
                                                                     
+
−
B1AKP8_HUMAN      0 --------------------------------------------------      0
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      201 YLDFLQFSFPVVFQRSYYPKSENRVYYSSFDLELNLDSPAELKHRRLVRS    250
+
−
                                                      :|.::....||:...|.
+
−
B1AKP8_HUMAN      1 ---------------------------------MNFEAVLHYKHQNQARD    17
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      251 QRNGPLDKDLK--------------------------PNSKIRKELESIL   274
+
−
                    ::    |.|:                          ..|....|.||..
+
−
B1AKP8_HUMAN     18 EK-----KKLRHASGANITNATTAATTAATATTTASTEGSNSESEAESTE    62
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      275 SYP-PSEELSLEEKDLIWKFRFYLTRNKKAMTKFLKSVVWTDSSEVNQAL    323
+
−
                    :.| ||.......:||......|..  .|:..|.:|:..:..:.:...|
+
−
B1AKP8_HUMAN      63 NSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTV---PAVQGFFRSISLSRGNNLQDTL    109
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      324 SLLDSWTEI----DIDDALELLSPSFVHPKVRAYAVSRLETASNEELLLY    369
+
−
                    .:|..|.:.    |:::||          |......:::|          
+
−
B1AKP8_HUMAN    110 RVLTLWFDYGHWPDVNEAL-----------VEGVKAIQIDT---------    139
+
−
 
+
−
VPS34_SCHPO      370 LLQLVQAL--RYDNP-----------ISSDERFQPS----PLAL------    396
+
−
                    .||::..|  |.|.|          ::...|:.|.    ||.:     
+
−
B1AKP8_HUMAN     140 WLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTT    189
+
  
−
VPS34_SCHPO      397 -------------------FLVNRA--ISSPSIGNDLYWYLVVEIEDEPV    425
+
MCA_00027_1      43 KKIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDGMLGLALAYMYERSL    92
−
                                        .||.:| :|...|...:.|:.:.....|..
+
                    ..|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||||.|.:|::||.::
−
B1AKP8_HUMAN     190 TARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEA    239
+
RKM3_YEAST        44 TDIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTV     93
  
−
VPS34_SCHPO      426 SKLF---SSVMFLFQ----------------KELS---------------    441
+
MCA_00027_1      93 GPDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEELLVGTELYYHTL--    136
−
                     |:|:  .:|..:|:               ||.|              
+
                     ..:|. ||.|::||   |.:..::..|.||..:.:.||.||.  :.|| 
−
B1AKP8_HUMAN    240 SRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEW   289
+
RKM3_YEAST        94 FRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKRLLKGTS--FDTLFD   141
  
−
VPS34_SCHPO     442 --KSVEGRLIRETLSAQAKFVEKLLRISKSVQSFRGTRLKKIEYLKVLLE   489
+
MCA_00027_1     137 -KVEDDDIAEVFKFDV------------------LPFLERNHLFEGQPQY   167
−
                      |.::...:::...|...:.....||||.:.......|:.:....::..
+
                      ...:::|.|.|:..|                 |...|.||    :..|
−
B1AKP8_HUMAN    290 CRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCR   339
+
RKM3_YEAST      142 SLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSEENH----EEDY   187
  
−
VPS34_SCHPO     490 DHKYHLLDFHALPLPLDPSVNIVGI--IPDACTVFKSTMQPLRLLFKCQD   537
+
MCA_00027_1     168 R-TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLFNHSI-DESVHFEVV   215
−
                     |.:.     |:|...||:..|:.| |..:..|..|..:|.:|.....:
+
                     . .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||||.: |..:.|..:
−
B1AKP8_HUMAN    340 DLEL------AVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSN   383
+
RKM3_YEAST      188 NLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSL   237
  
−
VPS34_SCHPO     538 GSKYPIIFKNGDDLRQDQLVIQILTLMDKLLKKE----KLDLHLKPYRIL   583
+
MCA_00027_1     216 SQVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVDELNEDGFSSGFDYS   265
−
                     |.::..:.|..:|||||:.|:|:..|::.||..:    :.:|.::.|.::
+
                     ..||..||.||.|.||.       ::|..|.|.:|:....       
−
B1AKP8_HUMAN    384 GHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVI   433
+
RKM3_YEAST      238 YDVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLDKNMPK---------   270
  
−
VPS34_SCHPO     584 ATGPTHGAVQFVP-SKTLATILAEYHG-----------------------   609
+
MCA_00027_1     266 DSESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSDKKTSNEQKSEEQEA   315
−
                    ......|.:.:|| ..||..::.:|..                      
+
                                          :.|.||.: |.||..|...|:.:.|....
−
B1AKP8_HUMAN    434 PLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHL   483
+
RKM3_YEAST      271 ---------------------VASMETRV-IDEDLIKSLENDLEKEYSNV   298
  
−
VPS34_SCHPO     610 ------SVLAYLRENNPDDGLNSANYGIDP---VAMD---NYVRSCAGYC   647
+
MCA_00027_1     316 EKYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEVFNTYGELSNHHLAS   365
−
                          .|..:...|...|.|....:...|   |..|   ||.||.|...
+
                    .   ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:||:||||||..|.:
−
B1AKP8_HUMAN    484 TLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMS   533
+
RKM3_YEAST      299 T----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLA   344
  
−
VPS34_SCHPO     648 VITYLLGVGDRHLDNLLITK-DGHFFHADFG--------------YILGR   682
+
MCA_00027_1     366 RYGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEWWSIYFYEALFGIRK   414
−
                     ::.|:||:||||..||::.: .|...|.|||             .|..|
+
                     ||||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|||   :...|:..
−
B1AKP8_HUMAN    534 MVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFR   583
+
RKM3_YEAST      345 RYGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKWWS----QVGHGLFS   390
  
−
VPS34_SCHPO     683 DPKLFSPAMKLSKEMVEGMGGYNSPFYQQFKSYCYTTFTALRKSSNLILN   732
+
MCA_00027_1     415 DEWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEENSIPPSPESISWEDE   452
−
                     ..::.:.||:     |.|:.|       .::..|:|....||:..:.::.
+
                     ..:|::.:.::||::|           ||:.|||.....|.|  ||..:
−
B1AKP8_HUMAN    584 LTRMLTNAME-----VTGLDG-------NYRITCHTVMEVLREHKDSVMA   621
+
RKM3_YEAST      391 AWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEEEGDDSLE--SWLSQ   438
  
−
VPS34_SCHPO     733 LFSLMV----------DANIPDIKFDKEKVVYKVKERFCLQMSESDAIKY   772
+
MCA_00027_1     453 AYLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFERDVFTSKLLPS-STL   501
−
                     :....|         |.|....|..:.:                    
+
                     .|:.:||.||.....|..:|:::...:|:|        |:.|..|. |..
−
B1AKP8_HUMAN    622 VLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTR---------------------    650
+
RKM3_YEAST      439 LYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL--------FSKKATPHISDS   480
  
−
VPS34_SCHPO     773 FEQLINDSVSA-LFPQIIDRMHNLAQYMRS--------------------    801
+
MCA_00027_1     502 VFNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-------KDLITKLSDNQK   544
−
                          .||.|| ...:|:|.: .|.:....                   
+
                    :.||:.|..|....|...::....:|...|:       ...||..:.:..
−
B1AKP8_HUMAN    651 -----TDSYSAGQSVEILDGV-ELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVK   694
+
RKM3_YEAST      481 IVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSML   530
  
−
VPS34_SCHPO     801 --------------------------------------------------    801
+
MCA_00027_1     545 KNSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQWIAQLEKKKKRKPSNSNHKKPNSRKL    594
−
                                                                     
+
                    :|:|    |:..:|..:|::.::.::                     
−
B1AKP8_HUMAN    695 PEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLC   744
+
RKM3_YEAST      531 QNAR-----TLVQSEHNILDRCLKRLS-----------------------    552
  
−
VPS34_SCHPO     801 ----------   801
+
MCA_00027_1     595 K   595
−
                             
+
                     
−
B1AKP8_HUMAN    745 QCYIGWCPFW   754
+
RKM3_YEAST      553 -   552
 
</pre>
 
</pre>

Aktuálna revízia z 15:24, 14. október 2021

Sekvencie a zarovnania k cvičeniu pre biológov: programy water a needle

Proteínové sekvencie

>sp|P50520|VPS34_SCHPO Phosphatidylinositol 3-kinase vps34 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=vps34 PE=2 SV=2
MDRLVFSYCPSSKVTARFLVKFCFIEYQDSQEPCICTIQLFSGNESGSLMQKCFVSKIPN
KSLLPTELSKISTHEWLDFGVTVSELSLNAKFVVSAWKPSFNDEEVYEFVGCTTYRLFDE
NNLLRQGLQKIPLQTSKEIKKYSPTSLELEQVKEINRLDGLLLKLQLGDVPSVNWLDDIS
FGKIKDFRSKHMSLVTIPILYLDFLQFSFPVVFQRSYYPKSENRVYYSSFDLELNLDSPA
ELKHRRLVRSQRNGPLDKDLKPNSKIRKELESILSYPPSEELSLEEKDLIWKFRFYLTRN
KKAMTKFLKSVVWTDSSEVNQALSLLDSWTEIDIDDALELLSPSFVHPKVRAYAVSRLET
ASNEELLLYLLQLVQALRYDNPISSDERFQPSPLALFLVNRAISSPSIGNDLYWYLVVEI
EDEPVSKLFSSVMFLFQKELSKSVEGRLIRETLSAQAKFVEKLLRISKSVQSFRGTRLKK
IEYLKVLLEDHKYHLLDFHALPLPLDPSVNIVGIIPDACTVFKSTMQPLRLLFKCQDGSK
YPIIFKNGDDLRQDQLVIQILTLMDKLLKKEKLDLHLKPYRILATGPTHGAVQFVPSKTL
ATILAEYHGSVLAYLRENNPDDGLNSANYGIDPVAMDNYVRSCAGYCVITYLLGVGDRHL
DNLLITKDGHFFHADFGYILGRDPKLFSPAMKLSKEMVEGMGGYNSPFYQQFKSYCYTTF
TALRKSSNLILNLFSLMVDANIPDIKFDKEKVVYKVKERFCLQMSESDAIKYFEQLINDS
VSALFPQIIDRMHNLAQYMRS

>RKM3_YEAST
MSVTFKDDVHRILKFVANCNGRFEDSKCDIRESPLGGLGVFAKTDIAEGESILTLNKSSI
FSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTVFRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPP
SFWHADAKRLLKGTSFDTLFDSLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSE
ENHEEDYNLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSLYDV
CDKCGEPDMCKHLIAEEYLEAENLDKNMPKVASMETRVIDEDLIKSLENDLEKEYSNVTA
NIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLARYGFTVPENQYDIVHL
GPDFMKILKKEEKYQEKVKWWSQVGHGLFSAWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESE
EEEEEEEGDDSLESWLSQLYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESLFSKKATPHISDS
IVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSMLQNARTLVQSE
HNILDRCLKRLS

Lokálne zarovnanie

########################################
# Program: water
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:08:56
# Commandline: water
#    -auto
#    -stdout
#    -asequence emboss_water-I20211014-150851-0938-20653107-p2m.asequence
#    -bsequence emboss_water-I20211014-150851-0938-20653107-p2m.bsequence
#    -datafile EBLOSUM62
#    -gapopen 10.0
#    -gapextend 0.5
#    -aformat3 pair
#    -sprotein1
#    -sprotein2
# Align_format: pair
# Report_file: stdout
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: MCA_00027_1
# 2: RKM3_YEAST
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 588
# Identity:     170/588 (28.9%)
# Similarity:   270/588 (45.9%)
# Gaps:         116/588 (19.7%)
# Score: 611.0
# 
#
#=======================================

MCA_00027_1       29 IRESPLGGIGVFARKKIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDG     78
                     ||||||||:||||:..|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||
RKM3_YEAST        30 IRESPLGGLGVFAKTDIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDG     79

MCA_00027_1       79 MLGLALAYMYERSLGPDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEE    124
                     ||.|.:|::||.::..:|. ||.|::||   |.:..::..|.||..:.:.
RKM3_YEAST        80 MLALNIAFIYETTVFRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKR    129

MCA_00027_1      125 LLVGTELYYHTL---KVEDDDIAEVFKFDV------------------LP    153
                     ||.||.  :.||   ...:::|.|.|:..|                  |.
RKM3_YEAST       130 LLKGTS--FDTLFDSLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLD    177

MCA_00027_1      154 FLERNHLFEGQPQYR-TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLF    202
                     ..|.||    :..|. .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||
RKM3_YEAST       178 VSEENH----EEDYNLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLF    223

MCA_00027_1      203 NHSI-DESVHFEVVSQVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVD    251
                     ||.: |..:.|..:..||..||.||.|.||.        ::|..|.|.:|
RKM3_YEAST       224 NHHVSDPDLKFVSLYDVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLD    265

MCA_00027_1      252 ELNEDGFSSGFDYSDSESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSD    301
                     :....                              :.|.||.: |.||..
RKM3_YEAST       266 KNMPK------------------------------VASMETRV-IDEDLI    284

MCA_00027_1      302 KKTSNEQKSEEQEAEKYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEV    351
                     |...|:.:.|.....    ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:
RKM3_YEAST       285 KSLENDLEKEYSNVT----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEI    330

MCA_00027_1      352 FNTYGELSNHHLASRYGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEW    400
                     ||:||||||..|.:||||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|
RKM3_YEAST       331 FNSYGELSNVFLLARYGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKW    380

MCA_00027_1      401 WSIYFYEALFGIRKDEWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEEN    438
                     ||    :...|:....:|::.:.::||::|            ||:.|||.
RKM3_YEAST       381 WS----QVGHGLFSAWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEE    426

MCA_00027_1      439 SIPPSPESISWEDEAYLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFER    488
                     ....|.|  ||..:.|:.:||.||.....|..:|:::...:|:|      
RKM3_YEAST       427 EGDDSLE--SWLSQLYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL------    468

MCA_00027_1      489 DVFTSKLLPS-STLVFNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-----    532
                       |:.|..|. |..:.||:.|..|....|...::....:|...|:     
RKM3_YEAST       469 --FSKKATPHISDSIVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKG    516

MCA_00027_1      533 --KDLITKLSDNQKKNSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQ    568
                       ...||..:.:..:|:|     |:..:|..:|::.::
RKM3_YEAST       517 DNSSKITSATKSMLQNAR-----TLVQSEHNILDRCLK    549

Globálne zarovnanie

########################################
# Program: needle
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:13:34
# Commandline: needle
#    -auto
#    -stdout
#    -asequence emboss_needle-I20211014-151332-0965-44565643-p2m.asequence
#    -bsequence emboss_needle-I20211014-151332-0965-44565643-p2m.bsequence
#    -datafile EBLOSUM62
#    -gapopen 10.0
#    -gapextend 0.5
#    -endweight
#    -endopen 10.0
#    -endextend 0.5
#    -aformat3 pair
#    -sprotein1
#    -sprotein2
# Align_format: pair
# Report_file: stdout
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: MCA_00027_1
# 2: RKM3_YEAST
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 650
# Identity:     178/650 (27.4%)
# Similarity:   282/650 (43.4%)
# Gaps:         153/650 (23.5%)
# Score: 588.5
# 
#
#=======================================

MCA_00027_1        1 MEDSL---MERYQSFV----GWMLDNKIQFSSLLTIRESPLGGIGVFARK     43
                     |..:.   :.|...||    |...|:|..      ||||||||:||||:.
RKM3_YEAST         1 MSVTFKDDVHRILKFVANCNGRFEDSKCD------IRESPLGGLGVFAKT     44

MCA_00027_1       44 KIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDGMLGLALAYMYERSLG     93
                     .|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||||.|.:|::||.::.
RKM3_YEAST        45 DIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTVF     94

MCA_00027_1       94 PDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEELLVGTELYYHTL---    136
                     .:|. ||.|::||   |.:..::..|.||..:.:.||.||.  :.||   
RKM3_YEAST        95 RNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKRLLKGTS--FDTLFDS    142

MCA_00027_1      137 KVEDDDIAEVFKFDV------------------LPFLERNHLFEGQPQYR    168
                     ...:::|.|.|:..|                  |...|.||    :..|.
RKM3_YEAST       143 LAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSEENH----EEDYN    188

MCA_00027_1      169 -TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLFNHSI-DESVHFEVVS    216
                      .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||||.: |..:.|..:.
RKM3_YEAST       189 LKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSLY    238

MCA_00027_1      217 QVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVDELNEDGFSSGFDYSD    266
                     .||..||.||.|.||.        ::|..|.|.:|:....          
RKM3_YEAST       239 DVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLDKNMPK----------    270

MCA_00027_1      267 SESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSDKKTSNEQKSEEQEAE    316
                                         :.|.||.: |.||..|...|:.:.|.....
RKM3_YEAST       271 --------------------VASMETRV-IDEDLIKSLENDLEKEYSNVT    299

MCA_00027_1      317 KYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEVFNTYGELSNHHLASR    366
                         ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:||:||||||..|.:|
RKM3_YEAST       300 ----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLAR    345

MCA_00027_1      367 YGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEWWSIYFYEALFGIRKD    415
                     |||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|||    :...|:...
RKM3_YEAST       346 YGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKWWS----QVGHGLFSA    391

MCA_00027_1      416 EWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEENSIPPSPESISWEDEA    453
                     .:|::.:.::||::|            ||:.|||.....|.|  ||..:.
RKM3_YEAST       392 WYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEEEGDDSLE--SWLSQL    439

MCA_00027_1      454 YLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFERDVFTSKLLPS-STLV    502
                     |:.:||.||.....|..:|:::...:|:|        |:.|..|. |..:
RKM3_YEAST       440 YIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL--------FSKKATPHISDSI    481

MCA_00027_1      503 FNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-------KDLITKLSDNQKK    545
                     .||:.|..|....|...::....:|...|:       ...||..:.:..:
RKM3_YEAST       482 VNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSMLQ    531

MCA_00027_1      546 NSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQWIAQLEKKKKRKPSNSNHKKPNSRKLK    595
                     |:|     |:..:|..:|::.:                        ::|.
RKM3_YEAST       532 NAR-----TLVQSEHNILDRCL------------------------KRLS    552

Globálne zarovnanie s nulovou penaltou medzier na koncoch sekvencie

########################################
# Program: needle
# Rundate: Thu 14 Oct 2021 15:05:37
# Commandline: needle
#    -auto
#    -stdout
#    -asequence emboss_needle-I20211014-151156-0154-17922699-p1m.asequence
#    -bsequence emboss_needle-I20211014-151156-0154-17922699-p1m.bsequence
#    -datafile EBLOSUM62
#    -gapopen 10.0
#    -gapextend 0.5
#    -endopen 10.0
#    -endextend 0.5
#    -aformat3 pair
#    -sprotein1
#    -sprotein2
# Align_format: pair
# Report_file: stdout
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: MCA_00027_1
# 2: RKM3_YEAST
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 651
# Identity:     177/651 (27.2%)
# Similarity:   282/651 (43.3%)
# Gaps:         155/651 (23.8%)
# Score: 608.0
# 
#
#=======================================

MCA_00027_1        1 ----MEDSLMERYQSFV----GWMLDNKIQFSSLLTIRESPLGGIGVFAR     42
                         .:|. :.|...||    |...|:|..      ||||||||:||||:
RKM3_YEAST         1 MSVTFKDD-VHRILKFVANCNGRFEDSKCD------IRESPLGGLGVFAK     43

MCA_00027_1       43 KKIPKSSLILMVPKNVILSPSNCSISNLLDEADFDGMLGLALAYMYERSL     92
                     ..|.:...||.:.|:.|.|.||.||:|||.::..||||.|.:|::||.::
RKM3_YEAST        44 TDIAEGESILTLNKSSIFSASNSSIANLLCDSSIDGMLALNIAFIYETTV     93

MCA_00027_1       93 GPDSL-WYEFIQTI---DHDSLISENPRFWPPEDEELLVGTELYYHTL--    136
                     ..:|. ||.|::||   |.:..::..|.||..:.:.||.||.  :.||  
RKM3_YEAST        94 FRNSSHWYPFLRTIRIRDDEGHLNLPPSFWHADAKRLLKGTS--FDTLFD    141

MCA_00027_1      137 -KVEDDDIAEVFKFDV------------------LPFLERNHLFEGQPQY    167
                      ...:::|.|.|:..|                  |...|.||    :..|
RKM3_YEAST       142 SLAPEEEIMEGFEIAVDLAHKWNDEFGLEIPKGFLDVSEENH----EEDY    187

MCA_00027_1      168 R-TLEYYRDCLVAVASRAFDVDVYHGLALVPGACLFNHSI-DESVHFEVV    215
                     . .||.:......::||.|::|.||..||||.|.||||.: |..:.|..:
RKM3_YEAST       188 NLKLEKFISVAYTLSSRGFEIDAYHETALVPIADLFNHHVSDPDLKFVSL    237

MCA_00027_1      216 SQVCPLCGSPDFCDHLANRLGNHSESDEEEEEEEVDELNEDGFSSGFDYS    265
                     ..||..||.||.|.||.        ::|..|.|.:|:....         
RKM3_YEAST       238 YDVCDKCGEPDMCKHLI--------AEEYLEAENLDKNMPK---------    270

MCA_00027_1      266 DSESDSDGFEDIEEEEEEDGIIGSEETTIPISEDSDKKTSNEQKSEEQEA    315
                                          :.|.||.: |.||..|...|:.:.|....
RKM3_YEAST       271 ---------------------VASMETRV-IDEDLIKSLENDLEKEYSNV    298

MCA_00027_1      316 EKYQYEEDDEDEADYDEPQDTCDIVTIKSVHKGNEVFNTYGELSNHHLAS    365
                     .    ...::|:...:.|.:..|:|....|.:|.|:||:||||||..|.:
RKM3_YEAST       299 T----ANIEDDDGGIENPDECVDLVLKNDVAQGQEIFNSYGELSNVFLLA    344

MCA_00027_1      366 RYGFAIWDNKYETVGLSPEIRQYI-SENNLMERQEWWSIYFYEALFGIRK    414
                     ||||.:.:|:|:.|.|.|:..:.: .|....|:.:|||    :...|:..
RKM3_YEAST       345 RYGFTVPENQYDIVHLGPDFMKILKKEEKYQEKVKWWS----QVGHGLFS    390

MCA_00027_1      415 DEWAEIEESEDEDDEG------------SEDSEEENSIPPSPESISWEDE    452
                     ..:|::.:.::||::|            ||:.|||.....|.|  ||..:
RKM3_YEAST       391 AWYAQMRQEDEEDEDGQAKSDNLSDDIESEEEEEEEEGDDSLE--SWLSQ    438

MCA_00027_1      453 AYLTNSGAPSEGLSKLIRILSMSDSDFEALKSQFERDVFTSKLLPS-STL    501
                     .|:.:||.||.....|..:|:::...:|:|        |:.|..|. |..
RKM3_YEAST       439 LYIDSSGEPSPSTWALANLLTLTAVQWESL--------FSKKATPHISDS    480

MCA_00027_1      502 VFNEKSLILLKALVNLRLQRYKDGMLTSSQI-------KDLITKLSDNQK    544
                     :.||:.|..|....|...::....:|...|:       ...||..:.:..
RKM3_YEAST       481 IVNEEKLPFLAKKDNPHSKKLLSNLLKEKQLPCIKGDNSSKITSATKSML    530

MCA_00027_1      545 KNSRQILALTIKGTEKIVLEKSMQWIAQLEKKKKRKPSNSNHKKPNSRKL    594
                     :|:|     |:..:|..:|::.::.::                       
RKM3_YEAST       531 QNAR-----TLVQSEHNILDRCLKRLS-----------------------    552

MCA_00027_1      595 K    595
                      
RKM3_YEAST       553 -    552
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=CB-aln-dp&oldid=2633“