CB12: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(→Gény, evolúcia a komparatívna genomika v UCSC genome browseri (cvičenie pri počítači)) |
(→Staršie cvičenia) |
||
| (3 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Riadok 18: | Riadok 18: | ||
* Pozrime si napriklad region [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&position=chr2:46,570,000-46,630,000 chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38] | * Pozrime si napriklad region [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&position=chr2:46,570,000-46,630,000 chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38] | ||
* V casti Phenotype and Disease Associations | * V casti Phenotype and Disease Associations | ||
| − | ** napr. | + | ** napr. OMIM Alleles obsahuju asociacie variantov k chorobam |
** GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií | ** GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií | ||
| Riadok 36: | Riadok 36: | ||
* Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia? | * Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia? | ||
* Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/MEME.html tu] | * Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/MEME.html tu] | ||
| + | |||
| + | ==Kvasinkové transkripčné faktory v SGD== | ||
| + | * Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory | ||
| + | * Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [http://www.yeastgenome.org/locus/S000006169/regulation] | ||
| + | |||
| + | ==Staršie cvičenia== | ||
| + | * Nadreprezentácia [[CB08#Nadreprezent.C3.A1cia_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29|link]] | ||
Aktuálna revízia z 10:47, 7. december 2023
Obsah
Zhrnutie semestra a úvod do teórie grafov
- vid prezentacie k cviceniu
Populacna genomika v UCSC genome browseri
Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome
- SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
- SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
- SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
- Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
- V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
- HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
- Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
- Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov
UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov
- Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
- V casti Phenotype and Disease Associations
- napr. OMIM Alleles obsahuju asociacie variantov k chorobam
- GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií
V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy
- region chr2:164,862-426,468 v hg18
- zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
- vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
Sekvenčné motívy, program MEME
- Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
- Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
- Znamy program na tento problem je MEME
- Chodte na stranku http://meme-suite.org/
- Zvolte nastroj MEME a v casti Input the primary sequences zvolte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
- Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
- Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky tu
Kvasinkové transkripčné faktory v SGD
- Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
- Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [1]
Staršie cvičenia
- Nadreprezentácia link
