1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB12: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(→‎Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome)
(→‎Staršie cvičenia)
 
(One intermediate revision by the same user not shown)
Riadok 37: Riadok 37:
 
* Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/MEME.html tu]
 
* Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/MEME.html tu]
  
 +
==Kvasinkové transkripčné faktory v SGD==
 +
* Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
 +
* Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [http://www.yeastgenome.org/locus/S000006169/regulation]
  
 
==Staršie cvičenia==
 
==Staršie cvičenia==
−
* Kvasinkové transkripčné faktory v SGD [[CB10#Kvasinkov.C3.A9_transkrip.C4.8Dn.C3.A9_faktory_v_SGD|link]]
 
 
* Nadreprezentácia [[CB08#Nadreprezent.C3.A1cia_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29|link]]
 
* Nadreprezentácia [[CB08#Nadreprezent.C3.A1cia_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29|link]]

Aktuálna revízia z 10:47, 7. december 2023

Zhrnutie semestra a úvod do teórie grafov

  • vid prezentacie k cviceniu


Populacna genomika v UCSC genome browseri

Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome

  • SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
  • SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
  • SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
  • Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
  • V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
    • HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
    • Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
    • Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov

UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov

  • Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
  • V casti Phenotype and Disease Associations
    • napr. OMIM Alleles obsahuju asociacie variantov k chorobam
    • GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií


V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy

  • region chr2:164,862-426,468 v hg18
  • zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
  • vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)

Sekvenčné motívy, program MEME

  • Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
  • Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
  • Znamy program na tento problem je MEME
  • Chodte na stranku http://meme-suite.org/
  • Zvolte nastroj MEME a v casti Input the primary sequences zvolte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
  • Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
  • Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky tu

Kvasinkové transkripčné faktory v SGD

  • Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
  • Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [1]

Staršie cvičenia

  • Nadreprezentácia link
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=CB12&oldid=3050“