1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Introduction: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
 
(10 intermediate revisions by the same user not shown)
Riadok 1: Riadok 1:
 
__NOTOC__
 
__NOTOC__
 
<!-- {{Facebook}} -->
 
<!-- {{Facebook}} -->
 +
<!--
 
===Schedule===
 
===Schedule===
* Lecture: Thursday 15:40-17:10 C
+
* Lecture: Thursday 15:40-17:10 F1-109
* Tutorial for computer science (BIN, INF, mINT, mAIN): Thursday 14:00-15:30 C
+
* Tutorial for computer science (BIN, INF, mINF, mAIN, DAV): Thursday 14:00-15:30 F1-109
* Tutorial for biologists (PriFUK, physics): Thursday 17:20-18:50 F1-328, M-217
+
* Tutorial for biologists (PriFUK, physics): Thursday 17:20-18:50 M-217
  
 
===Instructors===
 
===Instructors===
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163
+
* [https://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163
+
* [http://www.dcs.fmph.uniba.sk/~gafurov/ Mgr. Askar Gafurov, PhD.] M-25
* [http://new.dcs.fmph.uniba.sk/index.php/Zamestnanci?_method=detail&_key=alias&alias=AskarGafurov Mgr. Askar Gafurov] M-25
+
* [https://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163
 
* Consultations can be arranged by e-mail
 
* Consultations can be arranged by e-mail
  
 
===Course objectives===
 
===Course objectives===
  
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.
+
This course is targeted at students of both computer science and life science study programs. Lectures will be together for both groups. Tutorials are held separately for CS and biology students.  
  
* Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
+
* Everyone: Overview of basic methods for analysis of biological sequences and other data sets in molecular biology.
* Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
+
* CS: Algorithms and data structures, machine learning, probability. How to develop mathematical abstractions for real-world problems.
* Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.  
+
* Biology: Mathematical models at the core of popular bioinformatics tools, how to use tools, interpretation of their results.
 +
* Everyone: Experience with interdisciplinary collaboration.
  
 
===Brief syllabus===
 
===Brief syllabus===
Riadok 27: Riadok 29:
 
===Literature===
 
===Literature===
  
Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:
+
Many basic concepts can be found in the following textbooks:
  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998. Can be studied in the FMFI library under code I-INF-D-21  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998. Can be studied in the FMFI library under code I-INF-D-21  
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008. Can be studied in the FMFI  library under code I-INF-Z-2
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008. Can be studied in the FMFI  library under code I-INF-Z-2
  
Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.
+
The course material also draws on scientific literature and other materials.
 +
-->

Aktuálna revízia z 13:51, 25. september 2024