|
|
| (134 intermediate revisions by 2 users not shown) |
| Riadok 1: |
Riadok 1: |
| − | Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
| |
| | | | |
| − | '''Literatúra:'''
| |
| − |
| |
| − | * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
| |
| − | ** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta-2015-10-01}}
| |
| − | * '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
| |
| − | * '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2
| |
| − |
| |
| − | Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
| |
| − |
| |
| − | '''Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19'''
| |
| − | * [https://www.youtube.com/playlist?list=PLU2XVjShDFwVeTDmo9Uv2NHWz3ijUjy5p playlist na youtube]
| |
| − |
| |
| − |
| |
| − | '''Poznámky a prezentácie'''
| |
| − |
| |
| − | PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| |
| − |
| |
| − | <!--
| |
| − | Pouzitie sablon:
| |
| − | tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
| |
| − | riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
| |
| − | literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
| |
| − |
| |
| − | pozor cvicenia v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
| |
| − | -->
| |
| − |
| |
| − | {|
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|21.-27.9.|}}
| |
| − | {{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
| |
| − | {{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
| |
| − | {{Lit2 | ZB kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
| |
| − | {{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} | [[CB01|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|28.9.-4.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
| |
| − | {{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}} --> | [[CI02|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|5.-11.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
| |
| − | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> | [[CI03|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|12.-18.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
| |
| − | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|19.-25.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
| |
| − | {{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash | | [[CI05|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií | <!-- {{pdf|cb-evalue}} --> | [[CB05|poznámky]] }}
| |
| − | <!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|27.10.-1.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
| |
| − | {{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI06|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|2.-8.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
| |
| − | {{Lit2 | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
| |
| − | {{R | CI|Substitučné modely | <!-- {{pdf|ci-matice}} --> | <!-- [[CI07|poznámky]] --> }}
| |
| − | {{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, E-value | <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} --> | <!-- [[CB07|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|9.-15.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
| |
| − | {{Lit2 | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
| |
| − | {{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | <!-- [[CI08|poznámky]] --> }}
| |
| − | {{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | <!-- [[CB08|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|16.-22.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
| |
| − | {{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | | <!-- [[CI09|poznámky]] --> }}
| |
| − | {{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!-- [[CB09|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|23.-29.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
| |
| − | {{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík | | <!-- [[CI10|poznámky]] --> | }}
| |
| − | {{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!-- [[CB10|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|30.11.-6.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | }}
| |
| − | {{R | CI| RNA štruktúra | | <!-- [[CI11|poznámky]] --> }}
| |
| − | {{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!-- [[CB11|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|7.-13.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
| |
| − | {{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | <!-- [[CI12|poznámky]] --> }}
| |
| − | {{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | <!-- [[CB12|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|14.-20.12.|Rezerva}}
| |
| − | |-
| |
| − | |}
| |
