1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB08: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(→‎Nadreprezentácia, Uniprot (cvičenie pri počítači))
(→‎Nadreprezentácia (cvičenie pri počítači))
 
(One intermediate revision by the same user not shown)
Riadok 121: Riadok 121:
 
Data o expresii ludskych genov v roznych tkanivach a podobne v '''UCSC genome browseri'''
 
Data o expresii ludskych genov v roznych tkanivach a podobne v '''UCSC genome browseri'''
 
* Chodte na genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/
 
* Chodte na genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/
−
* Zvolte ''Tools->Gene Sorter'', ''sort by'' nechajme ''Expression (GTEx)'', a do okienka ''search'' zadajme identifikator genu ''PTPRZ1''
+
* Zvolte ''Tools->Gene Sorter'', 'assembly'' na ''hg38'', ''sort by'' na ''Expression (GTEx)'', a do okienka ''search'' zadajme identifikator genu ''PTPRZ1''
 
** Dostane tabulku genov s podobnym profilom expresie ako PTPRZ1 (červená je vysoká expresia, zelená nízka)
 
** Dostane tabulku genov s podobnym profilom expresie ako PTPRZ1 (červená je vysoká expresia, zelená nízka)
 
** Zoznam tychto genov v textovom formate najdete [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb08/zoznam_genov.txt tu]
 
** Zoznam tychto genov v textovom formate najdete [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb08/zoznam_genov.txt tu]
Riadok 133: Riadok 133:
 
* Vratme sa do genome browsera, najdime si PTPRZ1 gen v genome [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&position=chr7%3A121873089-122062036]
 
* Vratme sa do genome browsera, najdime si PTPRZ1 gen v genome [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&position=chr7%3A121873089-122062036]
 
* V browseri su rozne tracky tykajuce sa expresie, napr. GTEx. Precitajte si, co je v tomto tracku zobrazene, zapnite si ho a pozrite si expresiu okolitych genov okolo PTPRZ1
 
* V browseri su rozne tracky tykajuce sa expresie, napr. GTEx. Precitajte si, co je v tomto tracku zobrazene, zapnite si ho a pozrite si expresiu okolitych genov okolo PTPRZ1
 +
<!--
 
* Kliknite na gen v tracku UCSC known genes. V tabulke uvidite zase prehlad expresie v roznych tkanivach (podla GTEx)
 
* Kliknite na gen v tracku UCSC known genes. V tabulke uvidite zase prehlad expresie v roznych tkanivach (podla GTEx)
 +
-->

Aktuálna revízia z 11:02, 7. december 2023

Na týchto cvičeniach sa budeme venovať trom štatistickým témam súvisiacim s komparatívnou genomikou a s analýzou expresie génov. Tieto techniky sa však využívajú aj v iných oblastiach a môžete sa s nimi často stretnúť v genomických článkoch.

Zhlukovanie

  • Máme vstupné dáta, väčšinou ako vektory dĺžky n
  • Snažíme sa ich rozdeliť do skupín tak, aby dáta v rámci skupiny boli podobné a medzi skupinami rôzne

Využitie:

  • hľadanie génov s podobným profilom expresie
  • hľadanie skupín pacientov s podobným profilom expresie génov (objavovanie podtypov nejakej choroby)
  • hľadanie rodín podobných proteínov
  • automatická segmentácia obrázkov (napríklad rozlíšiť jednotlivé políčka microarray alebo gelu od pozadia)

Na prednáške sme videli hierarchické zhlukovanie, ktoré z dát vytvorilo strom. Teraz si ukážeme zhlukovanie, ktoré sa snaží dáta rozdeliť na k skupín, kde k je vopred daný parameter.

K-Means

Príklad vstupu pre zhlukovanie
Príklad 3 zhlukov a ich centier nájdených k-means algoritmom
  • pozri tiež prezentáciu pdf
Vstup: n-rozmerné vektory x_{1},x_{2},...,x_{t} a počet zhlukov k
Výstup: Rozdelenie vektorov do k zhlukov takéto:
c_{1},c_{2},...,c_{t}\;(1\leq c_{i}\leq k) - priradenie vektoru k zhluku
n-rozmerné vektory \mu _{1},\mu _{2},...,\mu _{k} - centrá každého zhluku
Úloha: minimalizovať súčet štvorcov vzdialeností od každého vektoru k centru jeho zhluku:

J(\mu ,c)=\sum _{{i=1}}^{t}{\big \|}x_{i}-\mu _{{c_{i}}}{\big \|}_{2}^{2}

{\big \|}x_{i}-\mu _{{c_{i}}}{\big \|}_{2}^{2} je druhá mocnina vzdialenosti vektora xi od centra jeho zhluku

Algoritmus

Heuristika, ktorá nenájde vždy najlepšie zhlukovanie. Začne z nejakého zhlukovania a postupne ho zlepšuje. Pozri aj clanok na Wikipedii

  1. inicializácia: náhodne vyber k centier \ \mu _{1},\mu _{2},...,\mu _{k}
  2. opakuj kým sa niečo mení:
    priraď každý bod najbližšiemu centru: c_{i}=\arg \min _{j}{\big \|}x_{i}-\mu _{j}{\big \|}_{2}
    vypočítaj nové centroidy: \mu _{j}=\operatorname {avg_{{i:c_{i}=j}}}x_{i} (spriemerujeme všetky body v jednom zhluku)

Nadreprezentacia, obohatenie (enrichment)

  • Mnohe celogenomove analyzy nam daju zoznam genov, ktore sa v nejakom ukazovateli vyrazne lisia od priemeru.
  • Napriklad geny s pozitivnym vyberom v komparativnej genomike, geny vyrazne nadexprimovane alebo podexprimovane v microrarray experimentoch, geny regulovane urcitym transkripcnym faktorom a pod.
  • Niektore z nich budu preskumanejsie (znama funkcia a pod.), niektore mozu mat nejake udaje o funkcii prenesene z homologov a dalsie mozu byt uplne nezname
  • Co s takym zoznamom "zaujimavych genov"?
  • moznost 1: vybrat si z neho niekolko malo zaujimavych kandidatov a preskumat ich podrobnejsie (experimentalne alebo informaticky)
  • moznost 2: zistit, ci tato cela skupina je obohatena o geny urcitych skupin
    • napr. v pripade pozitivneho vyberu nam casto vychadzaju geny suvisiace s imunitou, lebo su pod velkym evolucnym tlakom od patogenov
    • takato analyza nam teda da informaciu o suvislostiach medzi roznymi procesmi
  • Priklad (Kosiol et al)
    • 16529 genov celkovo, 70 genov v GO kategorii innate immune response (0.4% zo vsetkych genov)
    • 400 genov s pozivnym vyberom, mame 8 genov s innate immune response (2% zo vsetky genov s poz. vyb.)
  • Celkovy pocet genov n, imunitnych ni, pozitivny vyber np, imunitnych s poz. vyb. nip.
  • Kontingencna tabulka
Pozitivny vyber Bez poz. vyberu Sucet
Imunitne 8 (nip) 62 70 (ni)
Ostatne 392 16067 16459
Sucet 400 (np) 16129 16529 (n)
  • Nulova hypoteza: geny v nasom zozname boli nahodne vybrane z celeho genomu, t.j. ak v celom genome je frekvencia imunitnych genov ni/n (cca 0.4%), vo vzorke velkosti np (geny s pozitivnym vyberom) ocakavame cca np * (ni / n) imunitnych genov.
    • aj v nulovej hypoteze vsak vzorka velkosti ni cisto nahodou moze obsahovat viac alebo menej takych genov.
    • presnejsie mame urnu so ni (70) bielymi a n-ni (16459) ciernymi gulickami, vytiahneme nahodne np (400) guliciek, kolko bude medzi nimi bielych, nazvime tuto nahodnu premennu Xip
    • v nasom priklade by sme ocakavali 1.7 genu s innate immune response, ale mame 8 (4.7xviac)
  • Rozdelenie pravdepodobnosti Xip je hypergeometricke, t.j. \Pr(X_{{ip}}=n_{{ip}})={n_{i} \choose n_{{ip}}}{n-n_{i} \choose n_{p}-n_{{ip}}}/{n \choose n_{p}}
  • Aka je pravdepodobnost, ze v nulovej hypoteze bude Xip tolko, kolko sme namerali alebo viac? (Chvost rozdelenia). V nasom pripade p-value 2.8e-4.
  • Hypergeometric or Fisher's exact test, pripadne ich aproximacie pre velke hodnoty v tabulke (chi^2 test) zisti, ci sa nasa tabulka velmi lisi od toho, co by sme ocakavali v nulovej hypoteze
  • Suvisiace clanky
    • Rivals I, Personnaz L, Taing L, Potier MC (February 2007). "Enrichment or depletion of a GO category within a class of genes: which test?". Bioinformatics (Oxford, England) 23 (4): 401–7. doi:10.1093/bioinformatics/btl633. PMID 17182697.
    • Huang da W, Sherman BT, Lempicki RA (January 2009). "Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists". Nucleic Acids Research 37 (1): 1–13. doi:10.1093/nar/gkn923. PMID 19033363.
    • Reimand, Jüri, et al. "Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g: Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap." Nature protocols 14.2 (2019): 482. [1]
  • Kod v statistickom systeme R na pocitanie hypergeometrickeho rozdelenia 
> dhyper(0:70, 70, 16529-70, 400);
 [1]  1.793421e-01  3.126761e-01  2.679872e-01  1.505169e-01  6.231088e-02
 [6]  2.027586e-02  5.400796e-03  1.210955e-03  2.332580e-04  3.920215e-05
[11]  5.818723e-06  7.702558e-07  9.166688e-08  9.873221e-09  9.678760e-10
[16]  8.677204e-11  7.143849e-12  5.420388e-13  3.802134e-14  2.472342e-15
[21]  1.493876e-16  8.405488e-18  4.412274e-19  2.164351e-20  9.935473e-22
[26]  4.273662e-23  1.724446e-24  6.533742e-26  2.326517e-27  7.791092e-29
[31]  2.455307e-30  7.285339e-32  2.036140e-33  5.361856e-35  1.330660e-36
[36]  3.112566e-38  6.862558e-40  1.426089e-41  2.792792e-43  5.153006e-45
[41]  8.955105e-47  1.465159e-48  2.255667e-50  3.265636e-52  4.442631e-54
[46]  5.674366e-56  6.797781e-58  7.629501e-60  8.012033e-62  7.860866e-64
[51]  7.193798e-66  6.129013e-68  4.851139e-70  3.558526e-72  2.412561e-74
[56]  1.506983e-76  8.641725e-79  4.530590e-81  2.161126e-83  9.326620e-86
[61]  3.617279e-88  1.250737e-90  3.817900e-93  1.016417e-95  2.323667e-98
[66] 4.469699e-101 7.034762e-104 8.698702e-107 7.924236e-110 4.728201e-113
[71] 1.386176e-116
phyper(7, 70, 16529-70, 400, lower.tail=FALSE);
# pr pocet bielych>7 (t.j. >=8) ak taham 400 z vreca so 70 bielymi a 16529-70 ciernymi
# sucet cisiel z tabulky od 2.332580e-04 az po koniec

d = dhyper(0:15, 70, 16529-70, 400);
plot(0:15,d)

# test pre danu tabulku
a=matrix(c(8,62,392,16067),nrow=2, ncol=2)
fisher.test(a,alternative = "greater")

Multiple testing correction

  • V mnohych situaciach robime vela testov toho isteho typu, kazdy ma urcitu p-value
  • Napr. testujeme 1000 genov v genome na pozitivny vyber, zvolime tie, kde p-value <= 0.05
  • Alebo testujeme obohatenie 1000 funkcnych kategorii v nejakej vzorke genov, zvolime tie, kde p-value <= 0.05
  • Problem: ak kazda z 1000 kategorii ma 5% sancu tam byt len nahodou, ocakavali by sme 50 cisto nahodnych pozitivnych vysledkov. Ak sme napr. nasli 100 pozitivnych vysledkov (obohatenych kategorii), cca polovica z nich je zle
  • Preto potrebujeme pri velkom mnozstve testov umelo znizit prah na p-value tak, aby nahodny sum netvoril velke percento nasich vysledkov
  • Toto sa vola multiple testing correction, je viac technik, napr. FDR (false discovery rate)

Nadreprezentácia (cvičenie pri počítači)

Data o expresii ludskych genov v roznych tkanivach a podobne v UCSC genome browseri

  • Chodte na genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/
  • Zvolte Tools->Gene Sorter, 'assembly na hg38, sort by na Expression (GTEx), a do okienka search zadajme identifikator genu PTPRZ1
    • Dostane tabulku genov s podobnym profilom expresie ako PTPRZ1 (červená je vysoká expresia, zelená nízka)
    • Zoznam tychto genov v textovom formate najdete tu
  • http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ mena genov skopirujme do policka Query, stlacte g:Profile!
    • Ak by výpočet dlho trval, nájdete ho aj tu
    • Vo výslednej tabuľke je každý riadok jedna funkcna kategoria, v ktorej su geny s tymto profilom expresie nadreprezentovane, kazdy stlpec jeden gen.
    • V spodnej casti tabuly su aj asociacie k chorobam a k transkripcnym faktorom, ktore by mohli prislusne geny regulovat
  • Co by sme na zaklade nadreprezentovanych kategorii usudzovali o gene PTPRZ1?
  • Najdite tento gen v Uniprote (http://www.uniprot.org/), potvrdzuje nase domnienky?
  • Vratme sa do genome browsera, najdime si PTPRZ1 gen v genome [2]
  • V browseri su rozne tracky tykajuce sa expresie, napr. GTEx. Precitajte si, co je v tomto tracku zobrazene, zapnite si ho a pozrite si expresiu okolitych genov okolo PTPRZ1
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=CB08&oldid=3052“