CB12: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(→Sekvenčné motívy, program MEME) |
(→Staršie cvičenia) |
||
| Riadok 42: | Riadok 42: | ||
==Staršie cvičenia== | ==Staršie cvičenia== | ||
| − | |||
* Nadreprezentácia [[CB08#Nadreprezent.C3.A1cia_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29|link]] | * Nadreprezentácia [[CB08#Nadreprezent.C3.A1cia_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29|link]] | ||
Aktuálna revízia z 10:47, 7. december 2023
Obsah
Zhrnutie semestra a úvod do teórie grafov
- vid prezentacie k cviceniu
Populacna genomika v UCSC genome browseri
Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome
- SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
- SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
- SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
- Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
- V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
- HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
- Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
- Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov
UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov
- Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
- V casti Phenotype and Disease Associations
- napr. OMIM Alleles obsahuju asociacie variantov k chorobam
- GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií
V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy
- region chr2:164,862-426,468 v hg18
- zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
- vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
Sekvenčné motívy, program MEME
- Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
- Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
- Znamy program na tento problem je MEME
- Chodte na stranku http://meme-suite.org/
- Zvolte nastroj MEME a v casti Input the primary sequences zvolte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
- Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
- Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky tu
Kvasinkové transkripčné faktory v SGD
- Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
- Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [1]
Staršie cvičenia
- Nadreprezentácia link
