1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 56: Riadok 56:
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  |  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  |  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|3.-9.11.|}}
+
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely |  | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely |  | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
Riadok 62: Riadok 62:
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| |  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| |  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|10.-16.11.|}}
+
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 68: Riadok 68:
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika|  | }}
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika|  | }}
 
|-
 
|-
−
{{T|17.-23.11.|}}
+
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách |  | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 74: Riadok 74:
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta |  |  }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta |  |  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|24.-30.11.|}}
+
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 80: Riadok 80:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | |  }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | |  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|1.-7.12.|}}
+
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 86: Riadok 86:
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | |  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | |  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|8.-14.12.|}}
+
{{T|7.-13.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika |  | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika |  | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 92: Riadok 92:
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD |  | }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD |  | }}
 
|-
 
|-
−
{{T|15.-21.12.|}}
+
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:48, 12. september 2015

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky
28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
12.-18.10.
PR:
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB:
19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií
26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov
2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely
9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika
16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta
23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík
30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam
7.-13.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD
14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=1257“