1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 21: Riadok 21:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
−
{{T|25.9.-1.10.|}}
+
{{T|24.-30.9.|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
Riadok 28: Riadok 28:
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|2.-8.10.|}}
+
{{T|1.-7.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|9.-15.10.|}}
+
{{T|8.-14.10.|}}
−
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|16.-22.10.|}}
+
{{T|15.-21.10.|}}
−
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|23.-29.10.|}}
+
{{T|22.-28.10.|}}
−
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
−
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | <!-- {{pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]]  }}
+
<!--
 +
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 +
-->
 +
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
−
{{T|30.10.-5.11.|}}
+
{{T|29.10.-4.11.|sviatky}}
−
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
|-
 +
{{T|5.-11.11.|}}
 +
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|6.-12.11.|}}
+
{{T|12.-18.11.|}}
−
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|13.-19.11.|}}
+
{{T|19.-25.11.|}}
−
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|20.-26.11.|}}
+
{{T|26.11.-2.12.|}}
−
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|27.11.-3.12.|}}
+
{{T|3.-9.12.|}}
−
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 +
<!--
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|4.-10.12.|}}
+
{{T|10.-16.12.|}}
−
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
 +
<!--
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
−
{{T|11.-17.12.|}}
+
{{T|17.-23.12.|}}
−
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | [[CI12|poznámky]] }}
 +
<!--
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
−
|-
+
-->
−
{{T|18.-24.12.|Rezerva}}
+
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:40, 26. september 2018

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


-->
24.-30.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
1.-7.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
8.-14.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
15.-21.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
22.-28.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
29.10.-4.11. sviatky
5.-11.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
12.-18.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
19.-25.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
26.11.-2.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
3.-9.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
poznámky | }}
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
10.-16.12.
PR: Populačná genetika
17.-23.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=2015“