1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB11: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(RNA štruktúra)
(Expresia génov)
Riadok 22: Riadok 22:
 
* zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
 
* zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
 
* vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
 
* vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
 
==Expresia génov==
 
'''NCBI Gene Expression Omnibus''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
 
* Databaza gene expression dat na NCBI
 
* Do Search okienka zadajme ''GDS2925''
 
* Mali by sme dostat dataset ''Various weak organic acids effect on anaerobic yeast chemostat cultures''
 
* Mozeme si pozriet zakladne udaje, napr. citation, platform
 
* Link "Expression profiles" nam zobrazi grafy pre rozne geny
 
* Pri kazdom profile mozeme kliknut na profile neighbors, aby sme videli geny s podobnym profilom
 
* Data analysis tools, cast Cluster heatmaps, K-means, skuste rozne pocty clustrov
 
** napr. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/gds/analyze/kmeans2.cgi?&ID=GDS2925&dist=1&method=0&PC=1&NC=5&k=4 K=4] a [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/gds/analyze/kmeans2.cgi?&ID=GDS2925&dist=1&method=0&PC=1&NC=5&k=5 K=5] pre Pearsonovu korelaciu
 
** mozeme is pozriet aj hierarchicke zhlukovanie
 
  
 
==Sekvenčné motívy, program MEME==
 
==Sekvenčné motívy, program MEME==

Verzia zo dňa a času 16:51, 30. november 2022

Populacna genomika v UCSC genome browseri

Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome

  • SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
  • SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
  • SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
  • Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
  • V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
    • HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
    • Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
    • Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov

UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov

  • Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
  • V casti Phenotype and Disease Associations
    • napr. ClinGen CNVs a ClinVar Variants obsahuju asociacie variantov k chorobam
    • GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií


V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy

  • region chr2:164,862-426,468 v hg18
  • zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
  • vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)

Sekvenčné motívy, program MEME

  • Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
  • Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
  • Znamy program na tento problem je MEME
  • Chodte na stranku http://meme-suite.org/
  • Zvolte nastroj MEME a v casti Input the primary sequences zvolte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
  • Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
  • Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky tu

Kvasinkové transkripčné faktory v SGD

  • Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
  • Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [1]