1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 24: Riadok 24:
 
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
 
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
 
{{R | CI| Nebude |  | }}
 
{{R | CI| Nebude |  | }}
−
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
 
{{R | CB| Úvod do informatiky |  | }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky |  | }}
 
|-
 
|-
Riadok 31: Riadok 30:
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  |  | }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  |  | }}
 +
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | |  }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | |  }}
 
|-
 
|-
Riadok 63: Riadok 63:
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{T|10.-16.11.|}}
−
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
−
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | [[CI07|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | }}
−
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb04}}, {{pdf|cb05}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{T|17.-23.11.|}}
−
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
−
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci07}} | [[CI08|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | | }}
−
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb08}} | [[CB08|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|24.-30.11.|}}
 
{{T|24.-30.11.|}}
−
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
−
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb08}} | [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | | }}
−
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | [[CB09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{T|1.-7.12.|}}
−
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
−
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | [[CI10|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | }}
−
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB10|poznámky]] }}
+
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|8.-14.12.|}}
 
{{T|8.-14.12.|}}
−
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
−
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | {{pdf|ci12}} | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | | }}
−
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | {{pdf|cb12}}, {{pdf|cb09}} | [[CB11|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{T|15.-21.12.|}}

Verzia zo dňa a času 20:21, 11. september 2015

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky
29.9.-5.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
13.-19.10.
PR:
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB:
20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií
27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov
3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika
17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta
24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík
1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam
8.-14.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=1254“