CB09: Rozdiel medzi revíziami

Verzia zo dňa a času 11:12, 19. november 2020

Na modelovanie štruktúry RNA sa používajú stochastické bezkontextové gramatiky (bude na ďalšej prednáške)
My si teraz ukážeme bezkontextové gramatiky, ktoré nemajú pravdepodobnosti
Zaviedol Noam Chomsky v lingvistike 50-te roky 20. storočia, tiež dôležité v informatike

Gramatika

Príklad: S->aSb, S->epsilon (píšeme aj skrátene S->aSb|epsilon)
Dva typy symbolov: terminály (malé písmená), neterminály (veľké písmená)
Pravidlá prepisujúce neterminál na reťazec terminálov a neterminálov (môže byť aj prázdny reťazec, ktorý označujeme epsilon)
Neterminál S je "štartovací"

Použitie gramatiky na generovanie reťazcov

Začneme so štartovacím neterminálom S
V každom kroku prepíšeme najľavejší neterminál podľa niektorého pravidla
Skončíme, keď nezostanú žiadne neterminály
Príklad: S->aSb->aaSbb->aaaSbbb->epsilon
Aké všetky slová vie táto gramatika generovať?
- V tvare aa...abb...b s rovnakým počtom á-čok a b-čiek (informatici píšu $a^{k}b^{k}$ )

Cvičenia

Zostavte gramatiku na slová typu aa..abb..b kde á-čok je rovnako alebo viac ako b-čok, pre
- S->aSb|aS|epsilon
Zostavte gramatiku pre slová toho istého typu, kde á-čok je viac ako b-čok, t.j. i>j
- S->aSb|aT T->aT|epsilon (alebo S->aSb|aS|a)
Zostavte gramatiku pre dobre uzátvorkované výrazy zo zátvoriek (,),[,]. Napr. [()()([])] je dobre uzátvorkovaný, ale [(]) nie je.
- S->SS|(S)|[S]|epsilon
- príklad odvodenia v tejto gramatike: S->[S]->[SS]->[SSS]->[(S)SS]->[()SS]->[()(S)S]->[()()S]->[()()(S)]->[()()([S])]->[()()([])]

Parsovanie reťazca pomocou gramatiky: určiť, ako mohol byt reťazec vygenerovaný pomocou pravidiel

Gramatika pre dobre uzátvorkované výrazy nám pomôže určiť, ktorá zátvorka patrí ku ktorej: tie, ktoré boli vygenerované v jednom kroku

Ďalšie cvičenia

Zostavte gramatiku na DNA palindromy, t.j. sekvencie, ktore zozadu po skomplementovani baz daju to iste, ako napr. GATC
- S->gSc|cSg|aSt|tSa|epsilon
Vlasenky RNA s lubovolne dlhou sparovanou castou a 3 nesparovanymi nukleotidmi v strede
- S->gSc|cSg|aSu|uSa|aaa|aac|aag|aau|...|uuu

Tazsi priklad: Zostavte gramatiku na slova s rovnakym poctom acok a bcok v lubovolnom poradi
- S->epsilon|aSbS|bSaS
- ako bude generovat aababbba?
- preco vie vygenerovat vsetky take retazce?

@@ Riadok 41: / Riadok 41: @@
 ** ako bude generovat aababbba?
 ** preco vie vygenerovat vsetky take retazce?
+==Cvicenie pri pocitaci==
+* Pozrime si protein PTPRZ1 z minuleho cvicenia v databaze Uniprot [http://www.uniprot.org/]
+* [[CB07#G.C3.A9ny.2C_evol.C3.BAcia_a_komparat.C3.ADvna_genomika_v_UCSC_genome_browseri_.28cvi.C4.8Denie_pri_po.C4.8D.C3.ADta.C4.8Di.29| Cvičenie ku génom]]