1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB11: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(→‎Expresia génov)
Riadok 22: Riadok 22:
 
* zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
 
* zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
 
* vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
 
* vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
−
 
−
==Sekvenčné motívy, program MEME==
 
−
 
−
* Vazobne miesta transkripcnych faktorov sa casto reprezentuju ako sekvencne motivy
 
−
* Ak mame skupinu sekvencii, mozeme hladat motiv, ktory maju spolocny
 
−
* Znamy program na tento problem je MEME
 
−
* Chodte na stranku http://meme-suite.org/
 
−
* Zvolte nastroj MEME a v casti ''Input the primary sequences'' zvolte ''Type in sequences'' a zadajte [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/seq.fa tieto sekvencie]
 
−
* Pozrite si ostatne nastavenia. Co asi robia?
 
−
* Ak server pocita dlho, mozete si pozriet vysledky [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb11/MEME.html tu]
 
−
 
−
==Kvasinkové transkripčné faktory v SGD==
 
−
* Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stranky pre jednotlive transkripcne faktory
 
−
* Pozrime si stranku pre transkripcny faktor GAL4 [http://www.yeastgenome.org/locus/S000006169/regulation]
 

Verzia zo dňa a času 16:52, 30. november 2022

Populacna genomika v UCSC genome browseri

Zopar zaujimavych polymorfizmov v ludskom genome

  • SNP rs1815739 CC: SNPedia, genome browser
  • SNP rs12255372 GT: SNPedia, genome browser
  • SNP rs2472297 TT: SNPedia, genome browser
  • Ďalšie zaujímavé SNPy: rs10427255 CC, rs671 GG, rs713598 GG, rs17822931 CT, rs4988235 CC, rs1042725 CC, rs7495174 AA, rs1426654 AA, rs4481887 AG
  • V browseri si vsimnite tracky (specificke pre verziu genomu hg19):
    • HGDP Allele Freq s mapou sveta s distribuciou alel
    • Genome Variants obsahuje genomy niekolkych ludi, napr Jima Watsona
    • Takisto sa da pozriet genom ludi z jaskyne Denisova a Neandertalcov

UCSC genome browser ma aj dalsie tracky tykajuce sa populacnej genomiky a polymorfizmov

  • Pozrime si napriklad region chr2:46,570,000-46,630,000 v hg38
  • V casti Phenotype and Disease Associations
    • napr. ClinGen CNVs a ClinVar Variants obsahuju asociacie variantov k chorobam
    • GWAS Catalog sú výsledky GWAS štúdií


V starsej verzii ludskeho genomu hg18 je aj trojuholnikovy graf vazbovej nerovnovahy

  • region chr2:164,862-426,468 v hg18
  • zapnite "HapMap LD Phased" na Full (cast Variation and Repeats)
  • vsimnite si, ze miery LD sa medzi ludskymi podpopulaciami lisia (YRI: Nigeria; CEU: Europa; JPT+CHB: Japonsko, Cina)
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=CB11&oldid=2877“