1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 14: Riadok 14:
 
<!--
 
<!--
 
Plan:
 
Plan:
−
 
−
9.10: pr aln1
 
  
 
16.10:  
 
16.10:  
Riadok 55: Riadok 53:
 
|-
 
|-
 
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{T|13.-19.10.|}}
 +
{{R | PR|Prednáška nebude, cvičenia pre biolǵov začnú 15:40 | | }}
 +
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | }}
 +
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | }}
 +
|-
 +
{{T|20.-26.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
|-
 
|-
−
{{T|20.-26.10.|}}
+
{{T|27.10.-2.11.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
|-
 
|-
−
{{T|27.10.-2.11.|}}
+
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
|-
 
|-
−
{{T|3.-9.11.|}}
+
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
|-
 
|-
−
{{T|10.-16.11.|}}
+
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
|-
 
|-
−
{{T|17.-23.11.|}}
+
{{T|24.-30.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
|-
 
|-
−
{{T|24.-30.11.|}}
+
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
|-
 
|-
−
{{T|1.-7.12.|}}
+
{{T|8.-14.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
−
|-
 
−
{{T|8.-14.12.|}}
 
−
{{R | PR| Rezerva | | }}
 
 
|-
 
|-
 
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{T|15.-21.12.|}}

Verzia zo dňa a času 21:42, 8. október 2014

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Nebudú
CB: Nebudú
13.-19.10.
PR: Prednáška nebude, cvičenia pre biolǵov začnú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
8.-14.12.
PR: Populačná genetika pdf
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „https://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=986“