Materials

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
  Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19

• playlist na youtube

Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students

Sept. 23
L:	Introduction, course rules, sequencing and genome assembly
	BV chapter 1, SK video 1 SK video 2
TI:	Introduction to biology		notes
	ZB chapter 1, SK video
TB:	Introduction to computer science, UCSC genome browser	pdf	notes
Sept 30
L:	Zostavovanie genómov 2	pdf
	SK video
TI:	Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
TB:	Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
Oct 7
L:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
	BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2, SK video
TI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika
TB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
Oct 14
L:	Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
	BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5, SK video
TI:	Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
TB:	Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
Oct 21
L:	Hľadanie génov, skryté Markovove modely	pdf
	BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7, video
TI:	Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
TB:	Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií
Oct 28
L:	Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
	BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2, video
TI:	Algoritmy pre HMM
TB:	Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy
Nov 4
L:	Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
	BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8, video
TI:	Substitučné modely
TB:	E-hodnota, fylogenetické stromy
Nov 11
L:	Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách	pdf
	DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI:	Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
TB:	Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction	pdf
Nov 18
L:	Štruktúra a funkcia proteínov		{{{4}}}
TB:	Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
Nov 25
L:	RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín	pdf
	DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9, video
TI:	Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
TB:	Nussinovovej algoritmus
Dec 2
L:	Populačná genetika	pdf
	video
TI:	RNA štruktúra
TB:	Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
Dec 9
L:	Prednáška nebude
TI:	Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
TB:	Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku
Dec 16
L:	Nepovinné prezentácie