2-AIN-505, 2-AIN-251: Seminár z bioinformatiky (1) a (3)
Zima 2014
Rozvrh

Seminár:
Utorok 17:20, M-IX (zmena!)
Vyučujúci:
Mgr. Tomáš Vinař, PhD	M-163,

Oznamy:
Prvé stretnutie sa uskutoční 23.9. o 17:20, kde preberieme organizačné detaily a budeme mať aj prvú prezentáciu.
Zoznam prezentácií:

23.9.2014 Vlado Boža	Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař. GAML: Genome Assembly by Maximum Likelihood. In Algorithms in Bioinformatics, 14th International Workshop (WABI), 2014. link prezentácia: pozri neskôr
30.9.2014 Mio Hozza	Sante Gnerre, Iain Maccallum, Dariusz Przybylski, Filipe J. Ribeiro, Joshua N. Burton, Bruce J. Walker, Ted Sharpe, Giles Hall, Terrance P. Shea, Sean Sykes, Aaron M. Berlin, Daniel Aird, Maura Costello, Riza Daza, Louise Williams, Robert Nicol, Andreas Gnirke, Chad Nusbaum, Eric S. Lander, David B. Jaffe. High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallelsequence data. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011. link prezentácia: pozri neskôr
7.10.2014 miestnosť nebude = seminár nebude
14.10.2014 Albert Herencsár	Jared T. Simpson, Richard Durbin. Efficient construction of an assembly string graph using the FM-index. Bioinformatics, 2010. link prezentácia: pozri neskôr
21.10.2014 Rasťo Hekel	Viraj Deshpande, Eric DK Fung, Son Pham, Vineet Bafna. Cerulean: A hybrid assembly using high throughput short and long reads. In WABI 2013, 2013. link prezentácia: pozri neskôr
28.10.2014 Boris Gundzík	Gene Myers. Efficient Local Alignment Discovery amongst Noisy Long Reads. In WABI 2014, 2014. link prezentácia: pozri neskôr
4.11.2014 Jano Hozza	Tobias Marschall, Ivan G. Costa, Stefan Canzar, Markus Bauer, Gunnar W. Klau, Alexander Schliep, Alexander Schonhuth. CLEVER: clique-enumerating variant finder. Bioinformatics, 2012. link prezentácia: pozri neskôr
11.11.2014 Tomáš Vinař	Can Alkan, Bradley P. Coe, Evan E. Eichler. Genome structural variation discovery and genotyping. Nature reviews. Genetics, 2011. link prezentácia: pozri neskôr
18.11.2014 Pavol Lukča	Yue Jiang, Yadong Wang, Michael Brudno. PRISM: pair-read informed split-read mapping for base-pair level detection ofinsertion, deletion and structural variants. Bioinformatics, 2012. link prezentácia: pozri neskôr
25.11.2014 Vlado Boža	Kathrin Trappe, Anne-Katrin Emde, Hans-Christian Ehrlich, Knut Reinert. Gustaf: Detecting and correctly classifying SVs in the NGS twilight zone. Bioinformatics, 2014. link prezentácia: pozri neskôr
2.12.2014 Peter Kuban	Yu Lin, Fei Hu, Jijun Tang, Bernard M. E. Moret. Maximum likelihood phylogenetic reconstruction from high-resolution whole-genome data and a tree of 68 eukaryotes. Pacific Symposium on Biocomputing, 2013. link prezentácia: pozri neskôr
9.12.2014 Mio Hozza	Manuel Lafond, Krister M. Swenson, Nadia El-Mabrouk. An Optimal Reconciliation Algorithm for Gene Trees with Polytomies. In RECOMB 2012, 2012. link prezentácia: pozri neskôr
16.12.2014 Albert Herencsár	Phillip E. C. Compeau. A Generalized Cost Model for DCJ-Indel Sorting. 2014. link prezentácia: pozri neskôr