1-BIN-301, 2-AIN-501 Metódy v bioinformatike, ZS 2019/20

• 16:02, 18. december 2019 ‎CI12 (história) ‎[7 785 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Protein threading== ===Prakticke programy na NP tazke problemy=== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na i...“)
• 16:02, 18. december 2019 ‎CB12 (história) ‎[6 039 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Protein threading== ===Prakticke programy na NP tazke problemy=== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na i...“)
• 11:32, 10. december 2019 ‎CI11 (história) ‎[2 559 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==RNA struktura== === Opakovanie Nussinovovej algoritmu=== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplnte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pr...“)
• 11:31, 10. december 2019 ‎CB11 (história) ‎[6 285 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Expresia génov== '''NCBI Gene Expression Omnibus''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ * Databaza gene expression dat na NCBI * Do Search okienka zadajme ''GDS2925'' *...“)
• 21:29, 3. december 2019 ‎CB10 (história) ‎[818 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Nussinovovej algoritmus== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho poč...“)
• 21:28, 3. december 2019 ‎CI10 (história) ‎[10 400 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI10= ==Úvod do bioinformatických databáz a on-line nástrojov== ===NCBI, Genbank, Pubmed, blast=== * National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi....“)
• 23:06, 26. november 2019 ‎CB09 (história) ‎[4 470 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CB09= ==Bezkontextové gramatiky== * Na modelovanie štruktúry RNA sa používajú stochastické bezkontextové gramatiky (bude na ďalšej prednáške) * My si teraz...“)
• 23:01, 26. november 2019 ‎CI09 (história) ‎[12 821 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI09= ==Hľadanie motívov zadefinovaných pravdepodobnostnou maticou== * Mame danych n sekvencii <math>S=(S_1\dots S_n)</math>, kazda dlzky ''m'', dlzku motivu ''L'',...“)
• 11:07, 21. november 2019 ‎CB08 (história) ‎[8 591 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „Na týchto cvičeniach sa budeme venovať dvom štatistickým témam súvisiacim s komparatívnou genomikou a s analýzou expresie génov. Tieto techniky sa však využ...“)
• 11:55, 19. november 2019 ‎CI08 (história) ‎[2 662 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Felsensteinov algoritmus 1981== * Mame dany strom T s dlzkami hran a bazy v listoch (jeden stlpec zarovnania) a model substitucii (zadany napr. maticou rychlosti R)....“)
• 15:14, 14. november 2019 ‎CB07 (história) ‎[10 899 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Praktická ukážka tvorby stromov== * V UCSC browseri mozeme ziskavat viacnasobne zarovnania jednotlivych genov (nukleotidy alebo proteiny). Nasledujuci postup nemusi...“)
• 09:33, 12. november 2019 ‎CI07 (história) ‎[10 628 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Substitučné modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnosť, že ak začneme s bázou ''a'', tak po čase ''t'' budeme mať bázu ''b''. * Pre...“)
• 23:11, 5. november 2019 ‎CB06 (história) ‎[8 786 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Fylogenetické stromy== Terminológia: * zakorenený strom, rooted tree * nezakorenený strom, unrooted tree * hrana, vetva, edge, branch * vrchol, uzol, vertex, node...“)
• 13:15, 4. november 2019 ‎CI05 (história) ‎[6 361 bajtov] ‎Askar (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „ == MinHash == Motivácia: Pri zostavovaní genómov pomocou overlap-layout-consensus frameworku na nájdenie prekryvov medzi čítaniami treba vykonať <math>O(N^2)</m...“)
• 10:52, 4. november 2019 ‎CI06 (história) ‎[7 752 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==HMM opakovanie== Parametre HMM: * <math>a_{u,v}</math>: prechodová pravdepodobnosť zo stavu <math>u</math> do stavu <math>v</math> * <math>e_{u,x}</math>: pravdepodo...“)
• 10:43, 24. október 2019 ‎CB05 (história) ‎[2 584 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju. * Nakreslite HMM (stavovy diagram),...“)
• 10:20, 15. október 2019 ‎CB04 (história) ‎[12 862 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Praktické cvičenie pri počítači: dotploty== ===Yass a dotploty=== * Program Yass hlada lokalne zarovnania v DNA sekvenciach, zobrazuje vo forme dot plotov * V nov...“)
• 10:16, 15. október 2019 ‎CI04 (história) ‎[9 393 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Opakovanie dynamického programovania pre globálne zarovnanie== Uvažujme napríklad skórovanie zhoda +1, nezhoda -1, medzera -1 a vstupné sekvencie <math>X=x_1\d...“)
• 10:06, 10. október 2019 ‎CB03 (história) ‎[3 295 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Zarovnávanie sekvencií, opakovanie== * Uvažujme skórovanie zhoda +3, nezhoda -1, medzera -2 * Reťazce TAACGG a CACACT Globálne zarovnanie * Rekurencia: A[i,j] =...“)
• 10:05, 10. október 2019 ‎CI03 (história) ‎[5 233 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Dynamické programovanie== * Pozri Cvičenia pre biológov ==Uvod do proteomiky== * Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [http://ci...“)
• 08:36, 27. september 2019 ‎CB02 (história) ‎[12 558 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Dynamické programovanie== * Túto techniku uvidíme na ďalšej prednáške na hľadanie zarovnaní (alignments) * Uvažujme problém platenia pomocou najmenšieho po...“)
• 08:36, 27. september 2019 ‎CI02 (história) ‎[10 240 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Úvod do pravdepodobnosti== * Myšlienkový experiment, v ktorom vystupuje náhoda, napr. hod ideálnou kockou/mincou * Výsledkom experimentu je nejaká hodnota (napr...“)
• 11:02, 26. september 2019 ‎CB01 (história) ‎[5 346 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Používanie počítačov v M 217== * V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete * Na dolnom okraji ob...“)
• 11:02, 26. september 2019 ‎CI01 (história) ‎[497 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Úvod do biológie pre informatikov== Užitočné linky * [https://www.cs.princeton.edu/~mona/IntroMaterials/hunter-bio-for-CS.pdf Tutoriál molekulárnej biológie] *...“)
• 17:18, 23. september 2019 ‎MBI 2018/2019 (história) ‎[168 030 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú...“)