1-BIN-301, 2-AIN-501 Metódy v bioinformatike, ZS 2018/19

• 21:32, 19. december 2018 ‎CB12 (história) ‎[6 300 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Zhrnutie semestra== * vid prezentacia k cviceniu ==Uvod do teorie grafov== * vid prezentacia k cviceniu ==Ukážka práce v Linuxe== * Prihláste sa na server podľ...“)
• 21:26, 19. december 2018 ‎CI12 (história) ‎[7 784 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Protein threading== ===Prakticke programy na NP tazke problemy=== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na i...“)
• 20:33, 11. december 2018 ‎CI11 (história) ‎[2 557 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Protein threading== ===Prakticke programy na NP tazke problemy=== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na i...“)
• 20:32, 11. december 2018 ‎CB11 (história) ‎[6 288 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Expresia génov== '''NCBI Gene Expression Omnibus''' http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ * Databaza gene expression dat na NCBI * Do Search okienka zadajme ''GDS2925'' *...“)
• 10:21, 6. december 2018 ‎CB10 (história) ‎[818 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Nussinovovej algoritmus== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplňte maticu dynamického programovania (Nussinovovej algoritmus) pre nájdenie najväčšieho poč...“)
• 10:09, 6. december 2018 ‎CI10 (história) ‎[10 401 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Úvod do bezkontextových gramatík== * Na modelovanie štruktúry RNA sa používajú stochastické bezkontextové gramatiky (bude na ďalšej prednáške) * Tie sú...“)
• 10:09, 29. november 2018 ‎CB09 (história) ‎[4 470 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Bezkontextové gramatiky== * Na modelovanie štruktúry RNA sa používajú stochastické bezkontextové gramatiky (bude na ďalšej prednáške) * My si teraz ukáž...“)
• 10:07, 29. november 2018 ‎CI09 (história) ‎[12 821 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI09= ==Hľadanie motívov zadefinovaných pravdepodobnostnou maticou== * Mame danych n sekvencii <math>S=(S_1\dots S_n)</math>, kazda dlzky ''m'', dlzku motivu ''L'',...“)
• 17:05, 21. november 2018 ‎CB08 (história) ‎[8 591 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „Na týchto cvičeniach sa budeme venovať dvom štatistickým témam súvisiacim s komparatívnou genomikou a s analýzou expresie génov. Tieto techniky sa však využ...“)
• 10:36, 21. november 2018 ‎CI08 (história) ‎[2 662 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Felsensteinov algoritmus 1981== * Mame dany strom T s dlzkami hran a bazy v listoch (jeden stlpec zarovnania) a model substitucii (zadany napr. maticou rychlosti R)....“)
• 18:18, 15. november 2018 ‎CB:phylo (história) ‎[18 099 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „IQ-TREE 1.5.5 built Jun 21 2017 Input file name: /data/dnb02/galaxy_db/files/007/835/dataset_7835838.dat Type of analysis: ModelFinder + tree reconstruction Random seed...“)
• 10:24, 15. november 2018 ‎CB07 (história) ‎[10 923 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Praktická ukážka tvorby stromov== * V UCSC browseri mozeme ziskavat viacnasobne zarovnania jednotlivych genov (nukleotidy alebo proteiny). Nasledujuci postup nemusi...“)
• 10:23, 15. november 2018 ‎CI07 (história) ‎[10 628 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Substitučné modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnosť, že ak začneme s bázou a, tak po čase t budeme mať bázu b. * Pre dané t mô...“)
• 07:09, 6. november 2018 ‎CB06 (história) ‎[8 747 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Fylogenetické stromy== Terminológia: * zakorenený strom, rooted tree * nezakorenený strom, unrooted tree * hrana, vetva, edge, branch * vrchol, uzol, vertex, node...“)
• 07:08, 6. november 2018 ‎CI06 (história) ‎[6 171 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI06= ==HMM opakovanie== Parametre HMM: * <math>a_{u,v}</math>: prechodová pravdepodobnosť zo stavu <math>u</math> do stavu <math>v</math> * <math>e_{u,x}</math>: pra...“)
• 08:37, 25. október 2018 ‎CB05 (história) ‎[2 584 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju. * Nakreslite HMM (stavovy diagram),...“)
• 21:58, 17. október 2018 ‎CB04 (história) ‎[12 855 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Praktické cvičenie pri počítači: dotploty== ===Yass a dotploty=== * Program Yass hlada lokalne zarovnania v DNA sekvenciach, zobrazuje vo forme dot plotov * V nov...“)
• 19:31, 17. október 2018 ‎CI04 (história) ‎[7 642 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI04= ==Opakovanie dynamického programovania pre globálne zarovnanie== Uvažujme napríklad skórovanie zhoda +1, nezhoda -1, medzera -1 a vstupné sekvencie <math>...“)
• 09:05, 11. október 2018 ‎CB03 (história) ‎[3 299 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Zarovnávanie sekvencií, opakovanie== * Uvažujme skórovanie zhoda +2, nezhoda -1, medzera -1 * Reťazce TAACGG a CACACT Globálne zarovnanie * Rekurencia: A[i,j] =...“)
• 22:19, 10. október 2018 ‎CI03 (história) ‎[5 233 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CI03= ==Dynamické programovanie== * Pozri Cvičenia pre biológov ==Uvod do proteomiky== * Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [h...“)
• 14:24, 4. október 2018 ‎CB02 (história) ‎[12 489 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „=CB02= ==Dynamické programovanie== * Túto techniku uvidíme na ďalšej prednáške na hľadanie zarovnaní (alignments) * Uvažujme problém platenia pomocou najmenš...“)
• 20:01, 2. október 2018 ‎CI02 (história) ‎[10 240 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Úvod do pravdepodobnosti== * Myšlienkový experiment, v ktorom vystupuje náhoda, napr. hod ideálnou kockou/mincou * Výsledkom experimentu je nejaká hodnota (napr...“)
• 16:10, 27. september 2018 ‎CB01 (história) ‎[5 140 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Používanie počítačov v M 217== * V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete * Na dolnom okraji ob...“)
• 22:13, 26. september 2018 ‎CI01 (história) ‎[484 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „==Úvod do biológie pre informatikov== Užitočné linky * [https://www.cs.princeton.edu/~mona/IntroMaterials/hunter-bio-for-CS.pdf Tutoriál molekulárnej biológie] *...“)
• 20:00, 26. september 2018 ‎MBI 2017/2018 (história) ‎[168 128 bajtov] ‎Brona (Diskusia | príspevky) (Vytvorená stránka „Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú...“)