1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 59: Riadok 59:
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
−
|-
 
−
{{T|2.-8.11.|}}
 
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}} --> | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
Riadok 66: Riadok 64:
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> | <!-- [[CB06|poznámky]] -->  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> | <!-- [[CB06|poznámky]] -->  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|9.-15.11.|}}
+
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 72: Riadok 70:
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} --> | <!-- [[CB07|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} --> | <!-- [[CB07|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
−
{{T|16.-22.11.|}}
+
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 78: Riadok 76:
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | <!-- [[CB08|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | <!-- [[CB08|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
−
{{T|23.-29.11.|}}
+
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 84: Riadok 82:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!-- [[CB09|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!-- [[CB09|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
−
{{T|30.11.-6.12.|}}
+
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 90: Riadok 88:
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!-- [[CB10|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!-- [[CB10|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
−
{{T|7.-13.12.|}}
+
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 96: Riadok 94:
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!-- [[CB11|poznámky]] -->  }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!-- [[CB11|poznámky]] -->  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|14.-20.12.|}}
+
{{T|7.-13.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | <!-- [[CI12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | <!-- [[CI12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | <!-- [[CB12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | <!-- [[CB12|poznámky]] --> }}
 +
|-
 +
{{T|14.-20.12.|Rezerva}}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 10:50, 24. september 2020

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
CB: Skryté Markovove modely, E-value
27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu
2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy
9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction
16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
CB: Nussinovovej algoritmus
30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
7.-13.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku
14.-20.12. Rezerva
Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=2359“