1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


Introduction: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 1: Riadok 1:
'''Rozvrh'''
+
===Rozvrh===
Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
+
* Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
+
* Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328 (druhá polovica občas v F1-248)
+
* Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328 (druhá polovica občas v F1-248)
 
   
 
   
'''Prednášajúci'''
+
===Prednášajúci===
 
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163
 
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163
 
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163
 
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163
 
* Konzultácie po dohode emailom
 
* Konzultácie po dohode emailom
 
   
 
   
'''Ciele predmetu'''
+
===Ciele predmetu===
  
 
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.
 
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.
Riadok 17: Riadok 17:
 
* Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.  
 
* Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.  
  
'''Stručná osnova'''
+
===Stručná osnova===
 
Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.
 
Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.
  

Verzia zo dňa a času 21:52, 19. september 2014

Rozvrh

  • Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
  • Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
  • Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328 (druhá polovica občas v F1-248)

Prednášajúci

Ciele predmetu

Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.

  • Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
  • Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
  • Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.

Stručná osnova

Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.

Literatúra

Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:

  • Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.