Command-line basics

Files and folders

• Images, texts, data, etc. are stored in files
• Files are grouped in folders (directories) for better organization
• A folder can also contain other folders, forming a tree structure

Moving around folders (ls, cd)

• One folder is always selected as the current one; it is shown on the command line
• The list of files and folders in the current folder can be obtained with the ls command
• The list of files in some other folder can be obtained with the command ls other_folder
• The command cd new_folder changes the current folder to the specified new folder
• Notes: ls is an abbreviation of "list", cd is an abbreviation of "change directory"

Example:

• When we login to the server, we are in the folder /home/username.
• We then execute several commands listed below
• Using cd command, we move to folder /tasks/perl/ (the computer does not print anything, only changes the current folder).
• Using ls command, we print all files in the /tasks/perl/ folder.
• Finally we use ls /tasks command to print the folders in /tasks

username@vyuka:~$ cd /tasks/perl/
username@vyuka:/tasks/perl$ ls
fastq-lengths.pl  reads-small.fastq  reads-tiny-trim1.fastq  series.tsv
protocol.txt      reads-tiny.fasta   reads-tiny-trim2.fastq
reads.fastq       reads-tiny.fastq   series-small.tsv
username@vyuka:/tasks/perl$ ls /tasks
bash  bioinf1  bioinf2  bioinf3  cloud  flask  make  perl  python  r1  r2

Absolute a relative paths

• Absolute path determines how to get to a given file or folder from the root of the whole filesystem
• For example /tasks/perl/, /tasks/perl/series.tsv, /home/username etc.
• Individual folders are separated by a slash / in the path
• Absolute paths start with a slash

• Relative path determines how to get to a given file or folder from the current folder
• For example, if the current folder is /tasks/perl/, the relative path to file /tasks/perl/series.tsv is simply series.tsv
• If the current folder is /tasks/, the relative path to file /tasks/perl/series.tsv is perl/series.tsv
• Relative paths do not start with a slash
• A relative path can also go "upwards" to the containing folder using ..
• For example, if the current folder is /tasks/perl/, the relative path .. will give us the same as /tasks and ../../home will give us /home

Commands ls, cd and others accept both relative and absolute paths.

Important folders

• Root is the folder with absolute path /, the starting point of the tree structure of folders
• Home directory with absolute path /home/username is set as the current folder after login
  • Users typically store most of their files within their home directory and its subfolders, if there is no good reason to place them elsewhere
  • Tilde ~ is an abbreviation for your home directory. For example cd ~ will place you there

Hviezdičková konvencia

• Príkaz ls namiesto všetkých súborov v adresári môže vypísať len tie, ktoré si vyberieme
• Všetky súbory v aktuálnom adresári začínajúce písmenom x vypíšeme pomocou ls x*
• Všetky súbory obsahujúce písmeno x hocikde v mene vypíšeme pomocou ls *x*

Prezeranie obsahu súboru (less)

• less subor
• Vypíše súbor na obrazovku, môžeme v ňom listovať pomocou medzery alebo Page up a Page down, vyskočíme pomocou q (ako quit), ďalšie klávesy sa dozviete po stlačení h (help)

Kopírovanie súborov (cp)

• cp odkiaľ kam
• Skopíruje súbor odkiaľ na miesto kam
• Môžeme použiť absolútne alebo relatívne cesty.
• Cieľové miesto kam môže byť adresár alebo celé meno súboru

Príklad: ak aktuálny adresár je /projects/data-ppb/, nasledujúce tri príkazy všetky kopírujú súbor README do poadresára events:

# relatívne cesty
cp README events/
# absolútne cesty
cp /projects/data-ppb/README /projects/data-ppb/events/
# celé meno súboru 
cp README events/README

# tento príkaz kopíruje do /projects/data-ppb/events/README2
cp README events/README2
# ak sa presunieme do adresára events, môžeme kopírovať súbor do aktuálneho adresára .
cd events
cp ../README .

Kopírovanie súborov zo servera/na server (scp)

• Kríženec medzi ssh a cp (Secure CoPy)
• Na server (spustite na vašom linuxovom počítači napr. v učebni): scp subor meno@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:nove_meno_suboru
• Zo servera: scp meno@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:subor nove_meno_suboru
• Ak chcete kopírovať súbory medzi serverom a Windowsovým počítačom, nainštalujte si program WinSCP

#skopíruje súbor README2 do adresára /projects/data-ppb/ na serveri
scp README2 hrasko37@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:/projects/data-ppb/

#skopíruje súbor README2 do domovského adresára užívateľa hrasko37 na serveri
scp README2 hrasko37@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:

#skopíruje súbor README2 do domovského adresára užívateľa hrasko37 pod menom README3
scp README2 hrasko37@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:README3

#skopíruje súbor README2 z domovského adresára užívateľa hrasko37 na serveri do aktuálneho adresára
scp hrasko37@vyuka.compbio.fmph.uniba.sk:README2 .

Poznámky

Upozornenie: dvakrát meraj, raz rež

• Príkazový riadok spraví, čo napíšete, nepýta sa, či to myslíte naozaj
• Príkazy cp a scp môžu prepísať už existujúce súbory
• Neexistuje undo
• Preto si vždy dobre premyslite, čo chcete spraviť a skontrolujte príkaz pred tým, ako dáte Enter

Zjednodušenie práce

Užitočné pomôcky na príkazovom riadku:

• kláves Tab
  • ak je len jeden súbor alebo adresár, ktorý pasuje na rozpísaný začiatok slova, doplní ho automaticky
  • ak je súborov alebo adresárov viac, doplní, čo majú spoločné,po opakovanom stlačení ponúkne možnosti
• šípky hore/dole
  • prechádzanie históriou spustených príkazov
• copy&paste myšou
  • ľavým tlačidlom a ťahaním po texte označíme
  • kliknutím stredného tlačidla (kolieska) vložíme kam potrebujeme
  • ak nemáme stredné tlačidlo, klikneme naraz pravým aj ľavým

See also

• Linux tutorial