Introduction: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(→Vyučujúci) |
|||
| Riadok 9: | Riadok 9: | ||
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163 | * [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD.] M-163 | ||
* [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163 | * [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.] M-163 | ||
| − | * [ | + | * [http://new.dcs.fmph.uniba.sk/index.php/Zamestnanci?_method=detail&_key=alias&alias=AskarGafurov Mgr. Askar Gafurov] M-25 |
* Konzultácie po dohode emailom | * Konzultácie po dohode emailom | ||
| − | + | ||
===Ciele predmetu=== | ===Ciele predmetu=== | ||
Verzia zo dňa a času 17:43, 10. október 2019
Rozvrh
- Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
- Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
- Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328, M-217
Vyučujúci
- doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD. M-163
- doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD. M-163
- Mgr. Askar Gafurov M-25
- Konzultácie po dohode emailom
Ciele predmetu
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.
- Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
- Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
- Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.
Stručná osnova
Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.
Literatúra
Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:
- Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.
- K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
- Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
- K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2
Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.
