CB01: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(Vytvorená stránka „=CB01= ==Používanie počítačov v M 217== * V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete * Na dolnom ok...“) |
(→Prehľad systému Galaxy) |
||
| (12 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Riadok 1: | Riadok 1: | ||
| − | |||
==Používanie počítačov v M 217== | ==Používanie počítačov v M 217== | ||
* V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete | * V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete | ||
| Riadok 10: | Riadok 9: | ||
* Konfigurovateľný, veľa možností, ale pomerne málo organizmov | * Konfigurovateľný, veľa možností, ale pomerne málo organizmov | ||
* V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/ (európsky mirror stránky http://genome.ucsc.edu/ ) | * V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/ (európsky mirror stránky http://genome.ucsc.edu/ ) | ||
| − | * Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm verzia hg38. Do okienka <tt>search term</tt> zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania ( | + | * Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm verzia hg38. Do okienka <tt>search term</tt> zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (Gencode genes) zvoľte gén homeobox A2 na chromozóme 7. |
** Pozrime si spolu túto stránku | ** Pozrime si spolu túto stránku | ||
** V hornej časti sú ovládacie prvky na pohyb vľavo, vpravo, približovanie, vzďaľovanie | ** V hornej časti sú ovládacie prvky na pohyb vľavo, vpravo, približovanie, vzďaľovanie | ||
| Riadok 27: | Riadok 26: | ||
* Pozrieme si niekoľko vecí týkajúcich sa sekvenovania a skladania genómov | * Pozrieme si niekoľko vecí týkajúcich sa sekvenovania a skladania genómov | ||
* Hore v modrom menu zvoľte Genomes, časť Other | * Hore v modrom menu zvoľte Genomes, časť Other | ||
| − | * Na ďalšej stránke zvoľte človeka a pomocou menu Human Assembly '''zistite, kedy boli pridané posledné | + | * Na ďalšej stránke zvoľte človeka a pomocou menu Human Assembly '''zistite, kedy boli pridané posledné tri verzie ľudského genómu (hg19, hg38, hs1)''' |
| − | * Na tej istej stránke dole nájdete stručný popis zvolenej verzie genómu. '''Pre ktoré oblasti genómu máme v hg38 najviac alternatívnych verzií? | + | * Na tej istej stránke dole nájdete stručný popis zvolenej verzie genómu. '''Pre ktoré oblasti genómu máme v hg38 najviac alternatívnych verzií?''' |
* Prejdite na región chr21:31,250,000-31,300,000 v hg19 touto linkou: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr21%3A31250000-31300000] | * Prejdite na región chr21:31,250,000-31,300,000 v hg19 touto linkou: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr21%3A31250000-31300000] | ||
* Zapnite si tracky Mapability a RepeatMasker na "full" | * Zapnite si tracky Mapability a RepeatMasker na "full" | ||
| Riadok 35: | Riadok 34: | ||
* Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. '''Akému typu opakovania zodpovedá?''' (pozrite track RepeatMasker) | * Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. '''Akému typu opakovania zodpovedá?''' (pozrite track RepeatMasker) | ||
* Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr2%3A110000000-110300000] '''Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu?''' Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná). | * Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr2%3A110000000-110300000] '''Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu?''' Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná). | ||
| − | * Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb? | + | * Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38 and hs1. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb? |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | ==QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu== | + | ==QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu (nerobili sme)== |
* Čítania technológie Illumina MiSeq z 500kbp oblasti genómu E.coli | * Čítania technológie Illumina MiSeq z 500kbp oblasti genómu E.coli | ||
| − | * Boli poskladané programom SPAdes [ | + | * Boli poskladané programom SPAdes [https://github.com/ablab/spades] |
* Vzniknuté kontigy sú tu: [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/spades.fasta] | * Vzniknuté kontigy sú tu: [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/spades.fasta] | ||
| − | * Pozrime si štatistiky tohto poskladania v nástroji [http://quast. | + | * Pozrime si štatistiky tohto poskladania v nástroji Quast, |
| − | * | + | ** [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/quast.html Predpočítané výsledky] a [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/quast.pdf report v pdf formáte] |
| − | ** | + | * Teraz si tento výpočet spustíme v systéme Galaxy |
| + | |||
| + | ==Prehľad systému Galaxy (nerobili sme)== | ||
| + | * https://usegalaxy.eu/ | ||
| + | * Obsahuje veľa bioinformatických nástrojov, ktoré môžete spúšťať | ||
| + | * Ale na výsledky treba niekedy dlho čakať | ||
| + | * V ľavom stĺpci hľadanie nástroja alebo nahrávanie dát | ||
| + | * V pravom stĺpci zoznam nahratých dát, bežiacich programov a hotových výsledkov (výsledky si pozriete ikonou oka alebo stiahnete ikonou diskety) | ||
| + | * V strede nastavenia nástroja alebo prezeranie výsledkov | ||
| + | * Pri serióznom používaní odporúčam vytvoriť si konto a prihlásiť sa | ||
| + | |||
| + | |||
| + | * Stiahnite si kontigy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/spades.fasta], uložte ako súbor | ||
| + | * V ľavom menu zvolíme Upload Data a nahráme stiahnutý súbor | ||
| + | * V časti Tools v ľavom menu zadáme do vyhľadávania Quast, zvolíme Quast | ||
| + | ** Ako Contigs/scaffolds file zadáme nahratý súbor, ostatné položky necháme predvolené, stlačíme Execute | ||
| + | ** Predpočítané výsledky [https://usegalaxy.eu/u/brejova/h/quast] | ||
| + | * Druhá analýza: porovnanie poskladaných kontigov so správnou odpoveďou (ak je známa) | ||
| + | ** [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/ref.fasta Skutočná E.coli sekvencia], ktorú sme chceli dostať | ||
| + | ** Dá sa zadať do nástroja Quast, ak zvolíte Yes v <tt>Use a reference genome</tt> a tento súbor nahráte ako <tt>Reference genome</tt> | ||
| + | |||
Ďalšie dáta pre záujemcov: | Ďalšie dáta pre záujemcov: | ||
| − | |||
| − | |||
* Použité čítania: [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/miseq_R1.fastq.gz prvé čítania z páru], [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/miseq_R2.fastq.gz druhé čítania z páru] | * Použité čítania: [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/miseq_R1.fastq.gz prvé čítania z páru], [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi-data/cb01/miseq_R2.fastq.gz druhé čítania z páru] | ||
| + | * Galaxy obsahuje aj program SPAdes na skladanie | ||
Aktuálna revízia z 08:19, 28. september 2023
Obsah
Používanie počítačov v M 217
- V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete
- Na dolnom okraji obrazovky je lišta s často používanými nástrojmi, napr. internetový prehliadač Firefox
- Vo Firefoxe si otvorte stránku predmetu http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/ čast Prednášky a poznámky, nalistujte materiály k dnešnému cvičeniu
UCSC genome browser
- On-line grafický nástroj na prezeranie genómov
- Konfigurovateľný, veľa možností, ale pomerne málo organizmov
- V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/ (európsky mirror stránky http://genome.ucsc.edu/ )
- Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm verzia hg38. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (Gencode genes) zvoľte gén homeobox A2 na chromozóme 7.
- Pozrime si spolu túto stránku
- V hornej časti sú ovládacie prvky na pohyb vľavo, vpravo, približovanie, vzďaľovanie
- Pod tým schéma chromozómu, červeným vyznačená zobrazená oblasť
- Pod tým obrázok vybranej oblasti, rôzne tracky
- Pod tým zoznam všetkých trackov, dajú sa zapínať, vypínať a konfigurovať
- Po kliknutí na obrázok sa často zobrazí ďalšia informácia o danom géne alebo inom zdroji dát
- V génoch exony hrubé, UTR tenšie, intróny vodorovné čiary
- Koľko má HOXA2 exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
- V tracku GENCODE kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
- Na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie. Aké sú prvé štyri aminokyseliny?
Sekvenovanie v UCSC genome browseri
- Vráťte sa na UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/
- Pozrieme si niekoľko vecí týkajúcich sa sekvenovania a skladania genómov
- Hore v modrom menu zvoľte Genomes, časť Other
- Na ďalšej stránke zvoľte človeka a pomocou menu Human Assembly zistite, kedy boli pridané posledné tri verzie ľudského genómu (hg19, hg38, hs1)
- Na tej istej stránke dole nájdete stručný popis zvolenej verzie genómu. Pre ktoré oblasti genómu máme v hg38 najviac alternatívnych verzií?
- Prejdite na región chr21:31,250,000-31,300,000 v hg19 touto linkou: [1]
- Zapnite si tracky Mapability a RepeatMasker na "full"
- Mapability: nakoľko sa daný úsek opakuje v genóme a či teda vieme jednoznačne jeho čítania namapovať pri použití Next generation sequencing
- Ako a prečo sa pri rôznych dĺžkach čítaní líšia? (Keď kliknete na linku "Mapability", môžete si prečítať bližšie detaily.)
- Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. Akému typu opakovania zodpovedá? (pozrite track RepeatMasker)
- Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [2] Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu? Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná).
- Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38 and hs1. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb?
QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu (nerobili sme)
- Čítania technológie Illumina MiSeq z 500kbp oblasti genómu E.coli
- Boli poskladané programom SPAdes [3]
- Vzniknuté kontigy sú tu: [4]
- Pozrime si štatistiky tohto poskladania v nástroji Quast,
- Teraz si tento výpočet spustíme v systéme Galaxy
Prehľad systému Galaxy (nerobili sme)
- https://usegalaxy.eu/
- Obsahuje veľa bioinformatických nástrojov, ktoré môžete spúšťať
- Ale na výsledky treba niekedy dlho čakať
- V ľavom stĺpci hľadanie nástroja alebo nahrávanie dát
- V pravom stĺpci zoznam nahratých dát, bežiacich programov a hotových výsledkov (výsledky si pozriete ikonou oka alebo stiahnete ikonou diskety)
- V strede nastavenia nástroja alebo prezeranie výsledkov
- Pri serióznom používaní odporúčam vytvoriť si konto a prihlásiť sa
- Stiahnite si kontigy [5], uložte ako súbor
- V ľavom menu zvolíme Upload Data a nahráme stiahnutý súbor
- V časti Tools v ľavom menu zadáme do vyhľadávania Quast, zvolíme Quast
- Ako Contigs/scaffolds file zadáme nahratý súbor, ostatné položky necháme predvolené, stlačíme Execute
- Predpočítané výsledky [6]
- Druhá analýza: porovnanie poskladaných kontigov so správnou odpoveďou (ak je známa)
- Skutočná E.coli sekvencia, ktorú sme chceli dostať
- Dá sa zadať do nástroja Quast, ak zvolíte Yes v Use a reference genome a tento súbor nahráte ako Reference genome
Ďalšie dáta pre záujemcov:
- Použité čítania: prvé čítania z páru, druhé čítania z páru
- Galaxy obsahuje aj program SPAdes na skladanie
