Introduction: Rozdiel medzi revíziami
(Created page with "'''Rozvrh''' Prednáška: streda 18:10-19:40 F1-328 Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328 Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 M-218 '''Prednášajúci''' *...") |
|||
| Riadok 1: | Riadok 1: | ||
'''Rozvrh''' | '''Rozvrh''' | ||
| − | Prednáška: | + | Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328 |
Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328 | Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328 | ||
| − | Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 | + | Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328 (druhá polovica občas v F1-248) |
'''Prednášajúci''' | '''Prednášajúci''' | ||
| Riadok 13: | Riadok 13: | ||
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie. | Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie. | ||
| − | * | + | * Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii. |
| − | * | + | * Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii. |
| − | * | + | * Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky. |
'''Stručná osnova''' | '''Stručná osnova''' | ||
Verzia zo dňa a času 20:51, 19. september 2014
Rozvrh Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328 Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328 Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328 (druhá polovica občas v F1-248)
Prednášajúci
- doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD. M-163
- Mgr. Tomáš Vinař, PhD. M-163
- Konzultácie po dohode emailom
Ciele predmetu
Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.
- Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
- Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
- Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.
Stručná osnova Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.
Literatúra
Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:
- Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.
- K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
- Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
- K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2
Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.
