Materials

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
  • Verzia z 1.10.2015: pdf
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

25.9.-1.10.
PR:	Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov	pdf, pdf
	BV kap. 1
CI:	Úvod do biológie	pdf	poznámky
	ZB kap. 1
CB:	Úvod do informatiky, UCSC genome browser	pdf	poznámky
2.-8.10.
PR:	nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI:	Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní	pdf	poznámky
CB:	Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti	pdf	poznámky
9.-15.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika	pdf	poznámky
CB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty	pdf	poznámky
16.-22.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie	pdf
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI:	Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií		poznámky
CB:	Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy		poznámky
23.-29.10.
PR:	Hľadanie génov, skryté Markovove modely	pdf
	BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI:	BLAST, rýchle hľadanie podobnosti		poznámky
CB:	Skryté Markovove modely, E-value	pdf	poznámky
30.10.-5.11.
PR:	Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)	pdf
	BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI:	Algoritmy pre HMM	pdf	poznámky
CB:	Substitučné modely, bootstrap	pdf	poznámky
6.-12.11.
PR:	Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
	BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI:	Substitučné modely	pdf	poznámky
CB:	Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus	pdf, pdf	poznámky
13.-19.11.
PR:	Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
	DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI:	Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM		poznámky
CB:	Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction		poznámky
20.-26.11.
PR:	Štruktúra a funkcia proteínov
	DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI:	Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním		poznámky
CB:	Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam		poznámky
27.11.-3.12.
PR:	RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
	DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI:	Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík		poznámky
CB:	RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD		poznámky
4.-10.12.
PR:	Populačná genetika
CI:	RNA štruktúra, ukážky biologických databáz		poznámky
CB:	Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika		poznámky
11.-17.12.
CI:	Zhrnutie semestra, štruktúra populácie		poznámky
PR:	Nepovinné prezentácie
18.-24.12. Rezerva