Materials

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

• BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
  • Verzia z 1.10.2015: pdf
• DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
• ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

19.-25.9.
PR:	Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov	pdf, pdf
	BV kap. 1
CI:	Úvod do biológie	pdf	poznámky
	ZB kap. 1
CB:	Úvod do informatiky, UCSC genome browser	pdf	poznámky
26.9.-2.10
PR:	nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI:	Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní	pdf	poznámky
CB:	Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti	pdf	poznámky
3.-9.10.
PR:	Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
	BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI:	Úvod do dynamického programovania, proteomika		poznámky
CB:	Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty		poznámky