1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/


CB01: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(→‎Sekvenovanie v UCSC genome browseri)
(→‎Sekvenovanie v UCSC genome browseri)
Riadok 34: Riadok 34:
 
* Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. '''Akému typu opakovania zodpovedá?''' (pozrite track RepeatMasker)
 
* Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. '''Akému typu opakovania zodpovedá?''' (pozrite track RepeatMasker)
 
* Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr2%3A110000000-110300000] '''Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu?''' Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná).
 
* Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&position=chr2%3A110000000-110300000] '''Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu?''' Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná).
−
* Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb?
+
* Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38 and hs1. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb?
−
* Prejdite na genóm Rhesus, verzia rheMac2, región chr7:59,022,000-59,024,000 [http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=rheMac2&position=chr7%3A59022000-59024000], zapnite si tracky Contigs, Gaps, Quality scores
+
−
* '''Aké typy problémov v kvalite sekvencie v tomto regióne vidíte?'''
+
−
** Opäť si môžete pozrieť, či sa problémy odstránili a ako sa zmenila dĺžka sekvencie v najnovšej verzii rheMac8
+
  
 
==QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu==
 
==QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu==

Verzia zo dňa a času 09:19, 28. september 2023

Používanie počítačov v M 217

  • V textovom menu pri štarte zvoľte Linux, v prihlasovacom menu zadajte užívatela bioinf, heslo dostanete
  • Na dolnom okraji obrazovky je lišta s často používanými nástrojmi, napr. internetový prehliadač Firefox
  • Vo Firefoxe si otvorte stránku predmetu http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/ čast Prednášky a poznámky, nalistujte materiály k dnešnému cvičeniu

UCSC genome browser

  • On-line grafický nástroj na prezeranie genómov
  • Konfigurovateľný, veľa možností, ale pomerne málo organizmov
  • V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/ (európsky mirror stránky http://genome.ucsc.edu/ )
  • Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm verzia hg38. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (Gencode genes) zvoľte gén homeobox A2 na chromozóme 7.
    • Pozrime si spolu túto stránku
    • V hornej časti sú ovládacie prvky na pohyb vľavo, vpravo, približovanie, vzďaľovanie
    • Pod tým schéma chromozómu, červeným vyznačená zobrazená oblasť
    • Pod tým obrázok vybranej oblasti, rôzne tracky
    • Pod tým zoznam všetkých trackov, dajú sa zapínať, vypínať a konfigurovať
    • Po kliknutí na obrázok sa často zobrazí ďalšia informácia o danom géne alebo inom zdroji dát
    • V génoch exony hrubé, UTR tenšie, intróny vodorovné čiary
  • Koľko má HOXA2 exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
  • V tracku GENCODE kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
    • Na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie. Aké sú prvé štyri aminokyseliny?

Sekvenovanie v UCSC genome browseri

  • Vráťte sa na UCSC genome browser http://genome-euro.ucsc.edu/
  • Pozrieme si niekoľko vecí týkajúcich sa sekvenovania a skladania genómov
  • Hore v modrom menu zvoľte Genomes, časť Other
  • Na ďalšej stránke zvoľte človeka a pomocou menu Human Assembly zistite, kedy boli pridané posledné tri verzie ľudského genómu (hg19, hg38, hs1)
  • Na tej istej stránke dole nájdete stručný popis zvolenej verzie genómu. Pre ktoré oblasti genómu máme v hg38 najviac alternatívnych verzií?
  • Prejdite na región chr21:31,250,000-31,300,000 v hg19 touto linkou: [1]
  • Zapnite si tracky Mapability a RepeatMasker na "full"
  • Mapability: nakoľko sa daný úsek opakuje v genóme a či teda vieme jednoznačne jeho čítania namapovať pri použití Next generation sequencing
  • Ako a prečo sa pri rôznych dĺžkach čítaní líšia? (Keď kliknete na linku "Mapability", môžete si prečítať bližšie detaily.)
  • Približne v strede zobrazeného regiónu je pokles mapovateľnosti. Akému typu opakovania zodpovedá? (pozrite track RepeatMasker)
  • Zapnite si tracky "Assembly" a "Gaps" a pozrite si región chr2:110,000,000-110,300,000 v hg19: [2] Aká dlhá je neosekvenovaná medzera (gap) v strede tohto regiónu? Približnú veľkosť môžete odčítať z obrázku, presnejší údaj zistíte kliknutím na čierny obdĺžnik zodpovedajúci tejto medzere (úplne presná dĺžka aj tak nebola známa, nakoľko nebola osekvenovaná).
  • Cez menu položku View, In other genomes si pozrite, ako zobrazený úsek vyzerá vo verzii hg38 and hs1. Ako sa zmenila dĺžka z pôvodných 300kb?

QUAST: program na štatistiky o kvalite poskladania genómu

  • Čítania technológie Illumina MiSeq z 500kbp oblasti genómu E.coli
  • Boli poskladané programom SPAdes [3]
  • Vzniknuté kontigy sú tu: [4]
  • Pozrime si štatistiky tohto poskladania v nástroji Quast,
  • Teraz si tento výpočet spustíme v systéme Galaxy

Prehľad systému Galaxy

  • https://usegalaxy.eu/
  • Obsahuje veľa bioinformatických nástrojov, ktoré môžete spúšťať
  • Ale na výsledky treba niekedy dlho čakať
  • V ľavom stĺpci hľadanie nástroja alebo nahrávanie dát
  • V pravom stĺpci zoznam nahratých dát, bežiacich programov a hotových výsledkov (výsledky si pozriete ikonou oka alebo stiahnete ikonou diskety)
  • V strede nastavenia nástroja alebo prezeranie výsledkov
  • Pri serióznom používaní odporúčam vytvoriť si konto a prihlásiť sa


  • Stiahnite si kontigy [5], uložte ako súbor
  • V ľavom menu zvolíme Upload Data a nahráme stiahnutý súbor
  • V časti Tools v ľavom menu zadáme do vyhľadávania Quast, zvolíme Quast
    • Ako Contigs/scaffolds file zadáme nahratý súbor, ostatné položky necháme predvolené, stlačíme Execute
    • Predpočítané výsledky [6]
  • Druhá analýza: porovnanie poskladaných kontigov so správnou odpoveďou (ak je známa)
    • Skutočná E.coli sekvencia, ktorú sme chceli dostať
    • Dá sa zadať do nástroja Quast, ak zvolíte Yes v Use a reference genome a tento súbor nahráte ako Reference genome


Ďalšie dáta pre záujemcov:

Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=CB01&oldid=2921“