Projekty

Ak niektoré z týchto pokynov predstavujú pre váš projekt problém, konzultujte možné riešenia s vyučujúcimi.

Fázy projektu

• Vytvorenie skupín: dohodnite sa na skupinách veľkosti 3-5 do pondelka 22.3. do 12:00. Jeden člen skupiny uvedie členov skupiny a názov skupiny do príslušnej diskusie na MS Teams. Názov by mal byť krátky, môže to byť napr. skratka obsahujúca prvé písmená vašich krstných mien alebo priezvisk. Nezaradení študenti budú rozdelení do skupín vyučujúcimi.
• Voľba témy: na cvičení 24.3. prediskutujte v skupine preferencie tém. Ak chcete navrhnúť vlastnú tému, musíte ju na tomto cvičení prediskutovať s vyučujúcimi. Výber témy treba ukončiť do pondelka 29.3. Jeden člen skupiny zapíše meno skupiny a názov témy do príslušnej diskusie na MS Teams. Najviac 3 skupiny môžu robiť tú istú tému, takže ak si už 3 iné skupiny vybrali a zapísali do diskusie vašu najobľúbenejšiu tému, musíte si zvoliť inú. Ak ste navrhli vlastnú tému, v tomto termíne treba odovzdať krátky popis témy.
• Prvé kroky: Sťahovanie dát, ich úprava do vhodného formátu, zisťovanie základných charakteristík, opravovanie alebo odstraňovanie nesprávnych položiek. Na cvičení 31.3. začnete na týchto úlohách pracovať. Ideálne by ste ich dokončili pred ďalším týždňom, ale v niektorých projektoch toto môže byť väčšia časť projektu a trvať dlhšie.
• Ďalšie etapy: Stanovte si otázku, ktorá by sa vo vašich dátach dala analyzovať a pokúste sa ju odpovedať vhodnými grafmi a tabuľkami. Snažte sa nájsť čo najvhodnejšiu vizualizáciu a preskúmať trendy alebo ich výnimky, ktoré nájdete. Postupne preskúmate niekoľko takých otázok. Jednotliví členovia skupiny alebo podskupinky môžu paralelne pracovať na rôznych otázkach. Postupne zostavujte aj materiály, ktoré budete odovzdávať,
• Priebežná kontrola: Na každom cvičení od 7.4 do 5.5. sa uskutoční stretnutie skupiny s vyučujúcimi, na ktorom zástupca skupiny (pokiaľ možno vždy iný) stručne zosumarizuje, čo sa od minulého stretnutia podarilo spraviť, aké sú ďalšie plány a či sú prípadne nejaké problémy. Na diskusii sa aktívne zúčastnia aj ostatní členovia.
• Prezentácie projektov: v poslednom týždni semestra počas cvičenia, prípadne aj v inom dohodnutom čase
• Odovzdanie projektu: začiatkom skúškového obdobia

Technické pokyny

• Projekt by mal byť v jazyku Python, spustiteľný v prostredí Colab a pracujúci prevažne s knižnicami preberanými na prednáške, hoci v menšej miere môžete použiť aj iné.
• Spravte si svoju kópiu spracovávaných dát, aby vás neohrozilo, ak dáta zo zdrojovej stránky zmiznú alebo sa zmenia. Ak dáta vyžadujú rozsiahle predspracovanie, uložte si aj predspracované dáta.
• Do dát robte čo najmenej manuálnych zásahov.
• Počas práce na projekte priebežne píšte denník a zdieľajte ho s vyučujúcimi (linku dajte do diskusie v kanáli skupiny)
• Ukladajte si použité zdroje a citujte ich vo výslednom projekte. Môžete sa inšpirovať existujúcimi analýzami vašich dát a replikovať prípadne rozšíriť tieto analýzy, mali by ste však priznať zdroje svojej inšpirácie.

Odovzdávanie finálneho projektu

Správa

Správa (report) je dokument, ktorý by ste odovzdali "zákazníkovi", t.j. zadávateľovi projektu, vysvetľujúci vaše výsledky. Mal by obsahovať:

• hlavičku s názvom projektu, zoznamom autorov a dátumom
• úvod stručne predstavujúci tému projektu
• popis odkiaľ ste získali dáta a ako ste ich spracovali (či ich bolo potrebné nejako filtrovať alebo inak meniť), základné charakteristiky dát
• výsledky ďalších analýz
• záver so stručným zhrnutím hlavných výsledkov a možnosťami ďalšej práce.

Mal by to byť formálny text bez gramatických chýb, napísaný v slovenskom alebo anglickom jazyku. Obrázky a tabuľky by mali mať popisky vysvetľujúce čo je na grafe alebo v tabuľke zobrazené a mali by byť očíslované (obrázok/figure 1, tabuľka/table 1 atď.) Navyše na každý obrázok a tabuľku sa odvolajte v hlavnom texte (na obrázku 1 vidíme...) a vysvetlite, aké závery sa z neho dajú spraviť. Ak ste pri práci využili nejaké zdroje, uveďte ich v zozname literatúry na konci správy (zdroje dát, literatúru k oblasti, v ktorej robíte projekt). V správe neuvádzajte kód ani nepopisujte technické aspekty projektu (ako ste to programovali) a nemusíte tam ani uvádzať odkazy na zdroje, ktoré súvisia priamo s programovaním. Odovzdáva sa vo formáte pdf, môžete vytvoriť ako Google doc, ale aj v inom systéme (napríklad Latex/Overleaf).

Ak sa chcete inšpirovať, ako vyzerá formálny technický text s číslovanými obrázkami a tabuľkami, môžete si pozrieť zborník zo Študentskej vedeckej konferencie http://compbio.fmph.uniba.sk/svk2019/svk2019-zbornik.pdf (vaše články asi nebudú mať toľko matematiky a citovať budete asi skôr webstránky než vedecké publikácie, tiež nemusíte správu formátovať do dvoch stĺpcov).

Zdrojový kód

K projektu by ste mali odovzdať zdrojový kód vo forme Jupyter notebook, v ktorom bude celá analýza od načítania dát, cez ich úpravu a kontrolu až po vykreslenie finálnych grafov použitých v správe, prípadne aj ďalších, ktoré sa do správy nedostali. Celý kód by mal byť spustiteľný v Colabe s použitím dát, ktoré odovzdáte. Ak časť predspracovania dát nie je praktické robiť v notebooku, uveďte v notebooku analýzu začínajúcu načítaním už predspracovaných dát a proces predspracovania popíšte v notebooku, prípadne odovzdajte v zvláštnom súbore relevantný kód. Notebook by mal obsahovať nadpisy charakterizujúce jednotlivé časti analýzy a stručné popisy jednotlivých častí kódu. Uveďte aj odkazy (URL) na použité zdroje, najmä ak ste z nich kopírovali kód.

Dáta

Odovzdajte zip súbor so všetkými dátami, ktoré ste v projekte použili, jednak v pôvodnom stave ako ste ich stiahli a ak ich bolo treba výraznejšie predspracovať, tak aj v spracovanom stave.

Denník

Denník by mal vznikať priebežne a mal by byť členený na kapitoly, ktoré majú v nadpise uvedený stručný popis cieľa, kto sa na príslušnej časti podieľal a dátumy, kedy ste príslušnú analýzu robili. V tele kapitoly stručne popíšte čo ste robili, ako ste to robili, aké vznikli problémy, či sa ich podarilo vyriešiť. V denníku nechajte aj popis práce, ktorá napokon neviedla k úspešným grafom použitým v správe. Takisto po každom skupinovom stretnutí (spravidla na cvičení) napíšte jeho závery do denníka - aký ďalší postup a delenie úloh sa dohodlo. Denník slúži pre vyučujúcich ale aj pre vás!