Funding Acknowledgements

Current Projects

• 2023-2027: Comparative transcriptomics as a window to the world of fundamental biological processes (Jozef Nosek, Tomáš Vinař), APVV-22-0144
• 2022-2025: Bioinformatics of pathogens and pangenomes (Tomáš Vinař), VEGA 1/0538/22
• 2021-2024: ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, H2020 956229, ALPACA
• 2020-06/2025: Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration (Algoritmy a integrácia dát pre grafy pangenómov), H2020 872539, PANGAIA
• 2020-2023: Alternative Representations of Big Genomic Data (Broňa Brejová), VEGA 1/0463/20

Past Projects

• 2021-2023: Pangenomics for personalized clinical management of infected patients based on viral genome and human exome, Operational Program Integrated Infrastructure ITMS2014: 313011ATL7
• 2019-2023: Non-conventional applications of emerging sequencing technologies in comparative and functional genomics (Nekonvenčné aplikácie nových sekvenačných technológií v komparatívnej a funkčnej genomike) (Jozef Nosek, Tomáš Vinař), APVV-18-0239
• 2018-2021: Chyby a neurčitosť v sekvenovaní DNA: Algoritmy a modely (Tomáš Vinař, Mária Lucká), VEGA 1/0458/18
• 2020: Fast base callers for MinION nanopore seguencers (Vlado Boža), Google Cloud Computing Grant
• 2016-2019: Algoritmy pre heterogénne sekvenačné dáta novej generácie (Broňa Brejová), VEGA 1/0684/16
• 2015-2018: Comparative and functional analysis of non-conventional yeast genomes (Jozef Nosek, Tomáš Vinař), APVV-14-0253, EUR 54,004
• 2014-2017: Algoritmy a modely pre analýzu komplexných biologických sekvencií (Tomáš Vinař), VEGA 1/0719/14, EUR 39,387
• 2012-2015: Algoritmy na štúdium evolúcie a RNA štruktúr (Broňa Brejová), VEGA 1/1085/12, EUR 33,665
• 2010-2011: Slovak-China Research and Development Cooperation: Comparative Analysis of Parasitic Fungal Genomes (Broňa Brejová), APVV SK-CN-0007-09, EUR 8,000
• 2010-2011: Medziodborové štúdium bioinformatiky: Koncepcia štúdia a realizácia pilotných predmetov (Tomáš Vinař), KEGA 058-016UK-4/2010, EUR 24,601
• 2010-2011: Algoritmy a softvér pre analýzu DNA, RNA a proteínov (Tomáš Vinař), VEGA 1/0210/10, EUR 10,966
• 2009-2012: Computational Methods for Biological Sequence Analysis with Application to Evolution of Yeast Mitochondrial Genomes (Broňa Brejová), European Community FP7 IRG-231025, EUR 100,000
• 2009-2012: Algorithms for Analysis of Genes and Genomes (Tomáš Vinař), European Community FP7 IRG-224885, EUR 100,000

Past Young Researcher Grants

• 2015: Algoritmy na detekciu expanzie génových rodín (Michal Hozza) Comenius University UK/235/2015, EUR 1,000
• 2013: Metódy rekonštrukcie duplikačných histórií (Martin Kravec), Comenius University UK/425/2013, EUR 1,000
• 2013: Preusporiadania genómov (Jakub Kováč), Comenius University UK/310/2013, EUR 1,000
• 2012: Vyhľadávanie štrukturálnych motívov v biologických sekvenciách (Jaroslav Budiš), Comenius University UK/261/2012, EUR 1,000
• 2012: Využitie pravdepodobnostného modelovania grafov na detekciu alternatívneho zostrihu DNA (Martin Králik), Comenius University UK/612/2012, EUR 1,000
• 2012: Heuristické metódy úre optimalizáciu hľadania proteínov s OB-fold doménou (Martin Macko), Comenius University UK/332/2012, EUR 1,000
• 2012: Algoritmy pre skryté Markovove modely a ich využitie pri zarovnávaní biologických sekvencii (Michal Nanási), Comenius University UK/465/2012, EUR 1,000
• 2011: Efektívny algoritmus pre hľadanie proteínov s OB-fold doménou (Martin Macko), Comenius University UK/575/2011, EUR 1,130
• 2011: Preusporiadania genómov (Jakub Kováč), Comenius University UK/121/2011, EUR 1,130
• 2011: Metódy na zostavovanie zarovnaní biologických sekvencií s využitím informácie o štruktúre genómu (Michal Nánási), Comenius University UK/414/2011, EUR 1,130
• 2010: Štatistická významnosť v biologických databázach (Martina Višňovská), Comenius University UK/151/2010, EUR 1,500
• 2010: Algoritmy pre komparatívnu inferenciu lokálnych interakčných sietí proteínov (Martin Macko), Comenius University UK/502/2010, EUR 1,450