Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Martin Bobák. Identifikácia variantov génov z dát sekvenovania novej generácie. Master thesis, Comenius University in Bratislava, 2013. Supervised by Tomáš Vinař.

Download preprint: 13bobakth.pdf, 1006Kb

Download from publisher: not available

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

V genómoch sa pomerne často vyskytujú varianty toho istého génu,
ktoré je v rámci dlhej sekvencie DNA ťažké identifikovať. V práci
sa snažíme identifikovať varianty génov z dát sekvenovania novej
generácie. Problém najprv formalizujeme ako biologický problém,
ktorý následne pretransformujeme na informatický
problém. Informatický problém charakterizujeme pomocou teórie
grafov. Zo spárovaných segmentov a referenčnej sekvencie génu
konštruujeme graf variantov. Tento graf redukujeme pomocou
kubického algoritmu na redukovaný graf variantov. Na týchto dvoch
grafoch riešime problém hľadania najmenšieho počtu ciest, ktoré
popisujú každú hranu. Na to používame celočíselný lineárny
program. V závere práce prezentujeme dosiahnuté výsledky na
experimentálnych dátach pochádzajúcich z kvasinky Magnusiomyces
magnusii.