Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Lukáš Bača. Trénovanie parametrov pre hľadanie génov s využitím externej informácie. Master thesis, Comenius University in Bratislava, 2014. Supervised by Broňa Brejová.

Download preprint: 14bacath.pdf, 2354Kb

Download from publisher: not available

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

V našej diplomovej práci sme sa zamerali na návrh nového spôsobu
výberu trénovacej množiny pre skrytý Markovov model určený na
hľadanie génov. Rozhodli sme sa naviazať na prácu [3, Brejova et
al.] a za cieľ sme si stanovili zvýšenie presnosti predpovede
génov novo osekvenovaných genómoch za pomoci externých
informácií. Navrhli sme nový spôsob výberu trénovacej množiny pre
skrytý Markovov model a na zlepšenie predikcie sme použili
externé informácie ako EST a proteíny. Problém sme riešili
natrénovaním klasifikátora SVM na vopred oanotovanom druhu
D.melanogaster. Podarilo sa nám ukázať, že nami vytvorená metóda
vie vyfiltrovať kvalitnú trénovaciu množinu, ktorá vedie k
podstatnému zlepšeniu HMM modelu pre program Snap. V budúcnosti
by sme sa chceli venovať zväčšeniu množstva čŕt, čo môže zlepšiť
výsledky trénovaného SVM modelu.