Computational Biology
@ Comenius University in Bratislava

Dávid Simeunovič. Vizualizácia evolučných histórií. Bachelor thesis, Comenius University in Bratislava, 2016. Supervised by Broňa Brejová.

Download preprint: not available

Download from publisher: http://alis.uniba.sk/storage/dzb/dostupne/FM/2016/2016-FM-63491/

Related web page: not available

Bibliography entry: BibTeX

Abstract:

Táto práca sa venuje zobrazovaniu evolučných histórií. Výsledkom tejto
práce je program EHDraw, ktorý umožňuje vytvárať vizualizácie, meniť 
nastavenia použité pre tvorbu týchto vizualizácií a automaticky zredukovať 
počet génov, ktoré sa nachádzajú vo vizualizácii, bez straty pre nás
podstatnej informácie - aké mutácie sa odohrali v evolučnej histórii.
Redukciu počtu génov transformujeme na Problém množinového pokrytia, jeho
aproximáciu získame pomocou greedy algoritmu, a jeho optimum pomocou
Celočíselného lineárneho programovania. Rozdiely týchto dvoch prístupov
porovnávame testami. Výsledný program bude slúžiť na zobrazovanie a
vizuálnu kontrolu výsledkov metód, ktoré sa na základe dostupných DNA
sekvencií snažia zrekonštruovať evolučnú históriu, ktorá by viedla k
takýmto sekvenciám.