Genomika

Stránka k predmetu 2-INF-269/15 Genomika

Obsahové prerekvizity

• Metódy v bioinformatike a Integrácia dátových zdrojov
• Ak ste skúsení v práci na príkazovom riadku v Linuxe, Integráciu je možné brať aj súčasne s Genomikou

Prednášky

• Prednášky spolu s predmetom PriF.KBCh/N-mCBI-119/15 na Prírodovedeckej fakulte (pre magisterské programy Genetika, Biochémia a Molekulárna biológia)
• Pozor prednášky sa riadia harmonogramom PriFUK, kde je semester 13.2.2017 až 12.5.2017
• Prednášajú Peter Baráth (Chemický ústav SAV), Ingrid Bhatia (Katedra biochémie PriFUK), Broňa Brejová (Katedra informatiky FMFI), Richard Kollár (Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky FMFI), Martina Neboháčová (Katedra biochémie PriFUK), Jozef Nosek (Katedra biochémie PriFUK), Ľubomír Tomáška (Katedra genetiky PriFUK), Ivan Valent (Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie PriFUK), Tomáš Vinař (Katedra aplikovanej informatiky FMFI)
• Moodle s materiálmi k prednáškam
• Učebnica čiernobiela, farebná, vo fakultnej knižnici na prezenčné použitie so signatúrou I-INF-N-20

Cvičenia

• Cvičiaci Broňa Brejová a Tomáš Vinař
• Náplňou cvičení je tvorba prehliadača genómov na báze softvéru UCSC genome browser pre vybrané genómy. Pri tejto tvorbe si precvičíme prácu s genomickými dátami a vytvoríme aj potenciálne užitočný nástroj
• Budeme pracovať ako skupina, ktorá má spoločný cieľ. Konkrétne podciele na najbližší čas si vždy rozdelíme medzi jednotlivých členov (prípadne dvojice) na spoločnom stretnutí.
• Stretnutie sa uskutoční v rozvrhovom čase pre cvičenia približne raz za dva týždne. Jednotliví členovia skupiny zosumarizujú, čo sa im z predchádzajúcich úloh podarilo a čo nie, na aké problémy narazili, čo sa zaujímavé naučili a pod. Podiskutujeme, ako by sa tieto problémy mohli riešiť, rozmyslíme ďalšie úlohy a dohodneme sa, kto bude čo robiť.
• Po skončení diskusnej časti stretnutia začnete na dohodnutých úlohách pracovať v počítačovej miestnosti, pokračujete individuálne do ďalšieho stretnutia
• Ak sa v danom týždni nekoná stretnutie celej skupiny, môžete v čase cvičení využiť miestnosť na prácu na projekte, najmä ak chcete koordinovať viac ľudí. V prípade záujmu môžeme prísť aj my a niečo poradiť (dohodnite si to vopred).

Hodnotenie

• Prednášková časť je ukončená písomnou skúškou, ktorá tvorí 50% známky, skúšku organizuje prof. Nosek
• 50% známky je za prácu na cvičeniach, pričom cca 25% známky je celkový dojem z úspešnosti skupiny ako celku a 25% z individuálneho prínosu daného študenta
• Známky A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Poznámky k hodnoteniu cvičení

• Ak niektorí študenti budú mať obzvlášť malý alebo obzvlášť veľký podiel na práci skupiny, môže byť váha ich individuálneho hodnotenia zvýšená (v extrémnych prípadoch až 50% celej známky)
• Za každú fázu skupinového projektu (t.j. po každom stretnutí) vám budú pridelené čierne a/alebo červené body
  • Červené body sú za splnené úlohy a ich počet odzrkadľuje kvalitu, kvantitu a náročnosť práce
  • Čierne body sú za úlohy, ktoré vám boli priradené, ale ktoré ste nesplnili, obzvlášť ak od nich závisí ďalší postup ostatných členov skupiny. Takisto čierne body dostanete za iné správanie, ktoré narúša úspešné napredovanie skupiny (neospravedlnená neprítomnosť na stretnutí, narušenie práce spoločného servera a pod.)
  • Individuálne hodnotenie je neklesajúca funkcia od počtu červených bodov a nerastúca od počtu čiernych, presný prepočet určíme neskôr.